Все лодки, прибывшие на Дальний Восток, организационно входили в отдельный отряд миноносцев, сформированный приказом от 1 января 1905 года, который, в свою очередь, подчинялся начальнику Владивостокского отряда крейсеров контр-адмиралу Иессену. Непосредственное руководство действиями отдельного отряда возложили на командира «Касатки» лейтенанта Плотто. Для обеспечения боевой деятельности подводных лодок выделялись транспорты «Эрика», «Шилка», «Ксения».
29 января на крейсере «Громобой» состоялось первое в мире совещание по вопросу боевого использования подводных лодок. Председательствовал начальник отряда крейсеров контр-адмирал Карл Петрович Иессен. Лейтенант Плотто доложил, что полностью готова к походам лодка «Сом», почти готов «Дельфин», остальные войдут в строй к марту. Совещание приняло два варианта использования лодок. По первому варианту две лодки на буксире парохода «Эрика» должны были идти в залив Святой Ольги, куда заранее должен подойти транспорт «Шилка». При необходимости во льду пробивается канал. Пополнив запасы, лодки на буксире миноносцев следуют к Сангарскому проливу. Там отряд разделяется: миноносцы идут к порту Отару, а лодки на рассвете атакуют порты Хакодате и Аомори. По второму варианту все боеготовые субмарины идут на буксире миноносцев к корейским берегам, пополняя запасы с приданного парохода. Базируясь на порт Шестакова, лодки должны были вести операции против судоходства в Корейском проливе. Первый план должен был приводиться в действие после получения торпед лодкой «Сом», второй – по готовности всех лодок.
Подготовка масштабных операций наступательного характера была смелым и решительным шагом, но не соответствовала уровню подготовки экипажей и техническому состоянию подводных лодок того времени. По этим причинам оба плана так и не были притворены в жизнь. Никто реально не представлял, на что способны подводные лодки и как они должны были действовать. Командир «Сома» лейтенант князь Трубецкой писал, что, по существу, лодками никто не руководил, а инициативу командиров подавляли.
Командующий флотом вице-адмирал Скрыдлов не скрывал, что является противником использования подводных лодок. Тех же взглядов придерживался и сменивший его вице-адмирал Бирилев. Скрыдлов, посетив одну из лодок, на сообщение, что работы еще не закончены, отчеканил: «Предлагаю вам завтра же выйти в море, а больше никаких объяснений от вас принимать не желаю». 9 февраля 1905 года японский отряд в составе крейсера и большого числа миноносцев показался в районе Владивостока. Комендант крепости приказал всем лодкам немедленно выйти в море и атаковать неприятеля. В этом еще раз сказалось непонимание возможностей подводных лодок того времени, которые к тому же были без торпед.