Колчак свою министерскую службу начал с того, что выехал на фронт.
В результате осеннего наступления Красной армии русские и чехословацкие войска белых оказались далеко отброшенными от Волги на восток. Военно-морской министр объезжал прифронтовые части, выясняя обстановку на местах.
17 ноября 1918 года Колчак вернулся с фронта в Омск. В эту же ночь произошел переворот.
Командир Сибирской казачьей дивизии полковник Волков поднял по тревоге 300 казаков и разогнал правительство Комуча, переехавшего к тому времени из Самары в Омск. В ходе переворота был лишь один раненый, да и тот – чех. Руководителей «директории» (так себя именовало правительство Комуча) выслали в Китай. Несколько десятков из администрации «директории» было расстреляно без суда и следствия. Директория пала. Спешно созванное заседание Совета министров рассмотрело вопрос о создании диктатуры. На роль диктатора были выдвинуты три кандидата: генералы Хорват и Болдырев и адмирал Колчак.
В результате недолгого обсуждения кандидатуры Болдырева и Хорвата были отвергнуты. Кандидатуре Колчака была оказана мощная поддержка со стороны присутствующих на заседании морских офицеров.
Совет министров принял постановление: верховную власть, взятую на себя после распавшейся Директории. Правительство передает в руки Александра Васильевича Колчака, именуемого впредь Верховным правителем России и Верховным главнокомандующим. Постановление приняли единогласно. После поздравлений Колчак поблагодарил Совет министров и выразил уверенность в том, «что общими дружными усилиями, вместе с нашей доблестной армией мы одолеем врага, возродим нашу матушку-Россию и восстановим в ней законность и порядок».
В конце заседания кабинет министров принял постановления о государственном перевороте и о производстве вице-адмирала Колчака в адмиралы.
В течение того же дня, 18 ноября, из Омска во все концы Сибири и Европейской России полетели сообщения с текстом постановления Совета министров: «Ввиду тяжелого положения государства и необходимости сосредоточить всю полноту верховной власти в одних руках, Совет министров постановил передать временно осуществление верховной государственной власти адмиралу Колчаку, присвоив ему наименование Верховного правителя». В тот же день было опубликовано и обращение Верховного правителя к населению:
«Всероссийское временное правительство распалось. Совет министров принял всю полноту власти и передал ее мне, Александру Колчаку. Приняв крест этой власти в исключительно трудных условиях Гражданской войны и полного расстройства государственной жизни объявляю, что я не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности. Главной своей целью ставлю создание боеспособной армии, победу над большевизмом и установление законности и правопорядка, дабы народ мог беспрепятственно избрать себе образ правления, который он пожелает, и осуществить великие идеи свободы, ныне провозглашаемые по всему свету. Призываю вас, граждане, к единению, к борьбе с большевизмом, к труду и жертвам.