К моменту выхода противника к крымским перешейкам (середина сентября) для их обороны были развернуты три стрелковые дивизии 51-й Отдельной армии, войсками которой командовал генерал-полковник Ф.И. Кузнецов.
На южном крыле советско-германского фронта действовала 11-я немецкая армия, которой командовал генерал-полковник фон Шоберт. Но командующий в середине сентября во время одного из своих ежедневных вылетов на фронт на самолете типа «Шторх» сел на русское минное поле и погиб вместе со своим пилотом, и 16 сентября был похоронен в Николаеве. Новым командующим был назначен генерал Манштейн, который 17 сентября прибыл к месту расположения штаба 11-й армии в город и порт Николаев, находящийся у устья Буга, и принял командование. Начальником штаба был полковник Велер.
Перед 11-й армией стояла задача занять Крым. Причем эта задача немецкому командованию представлялась особенно срочной. С одной стороны, ожидали, что занятие Крыма и его военно-морской базы – Севастополя возымеет благоприятное воздействие на позицию Турции. С другой стороны, и это особенно важно, крупные военно-воздушные базы противника в Крыму представляли собой угрозу жизненно важному для Германии румынскому нефтяному району. И наконец, после взятия Крыма входящий в состав 11-й армии горный корпус должен был продолжать движение через Керченский пролив в направлении на Кавказ, поддерживая наступление, которое должно было развернуться со стороны Ростова.
Для непосредственного наступления на Крым были выделены соединения 54-го армейского корпуса под командованием генерала Ганзена в составе 46-й и 73-й пехотных дивизий. Кроме того, туда планировалось направить часть сил из прибывшей из Греции 50-й пехотной дивизии, которая в то время в составе 4-й румынской армии все еще находилась под Одессой, очищая побережье Черного моря от остатков советских войск.
Манштейн считал, что с учетом местности «даже упорной обороны трех дивизий было достаточно, чтобы не допустить вторжения в Крым 54-го армейского корпуса или, по крайней мере, значительно измотать его силы в боях за перешеек». Объяснял это он с позиции сложного характера местности и мощности обороны советских войск. В частности, он писал:
«Крым отделяет от материка так называемое “Гнилое море”, Сиваш. Это своего рода соленое болото, по большей части непроходимое для пехоты, и, кроме того, из-за малой глубины оно представляет собой абсолютное препятствие для десантных судов. К Крыму есть только два подхода: на западе – Перекопский перешеек, на востоке – Генический перешеек. Но этот последний настолько узок, что на нем помещается только полотно автомобильной и железной дороги, да и то прерываемое длинными мостами. Для ведения наступления этот перешеек непригоден.