На президентских выборах в 1999 г. президентом Македонии был избран кандидат от оппозиционной ВМРО-ДПМНЕ Борис Трайковский, которого поддержала также оппозиционная Демократическая партия албанцев. Премьер-министром Македонии стал основатель ВМРО-ДПМНЕ Любчо Георгиевский.
Таким образом, в 1990-е годы в Македонии попеременно правили то СДСМ, то ВМРО-ДПМНЕ. Правительственную коалицию с ними составляла также попеременно одна из двух ведущих «албанских партий».
В начале 2001 г. Македония перестала быть единственным «оазисом стабильности» на пространстве бывшей Югославии. На северо-западе страны начались столкновения между албанцами и правительственными войсками. Албанскими сепаратистами, часть которых проникла в Македонию из Косова, была сформирована так называемая Объединенная народная армия. «Повстанцы» выступали за албанскую автономию в Македонии и даже за объединение всех населенных албанцами территорий Балкан (Албания, Косово, Западная Македония, Северная Греция).
Пытаясь справиться с ростом терроризма и сепаратизма, македонское руководство в мае 2001 г. пошло на создание «правительства политического единства», в которое впервые вошли представители всех основных партий, в частности, ВМРО-ДПМНЕ, Социал-демократического союза Македонии и албанских Демократической партии и Партии демократического процветания. Албанцы согласились войти в правительство под нажимом США и Великобритании, а также представителя ОБСЕ в Македонии. Во главе «правительства политического единства» остался прежний премьер-министр Л. Георгиевский.
Однако этот политический маневр не удовлетворил сепаратистов, военные действия продолжались. Президент страны Б. Трайковский под сильнейшим давлением Запада пошел на переговоры с албанцами. 13 августа 2001 г. в курортном городе Охрид лидеры основных политических партий Македонии, включая и албанские, а также президент страны Б. Трайковский в присутствии международных посредников (США, НАТО, ЕС, ОБСЕ) подписали рамочный договор о политическом разрешении кризиса.
Согласно этому документу, из конституции Македонии устранялось упоминание о македонцах как титульной нации. Особое внимание в соглашении уделялось албанскому языку: он получал статус официального языка во всех общинах, где проживает 20 и более процентов этнических албанцев. Значительно увеличивалось представительство албанцев в органах судебной и государственной власти, в том числе в полиции. Албанские сепаратисты, в случае добровольного разоружения, попадали под амнистию.
Для реализации Охридских договоренностей было изменено административно-территориальное деление страны, приведшее к укрупнению местных общин. В результате этого на севере и западе Македонии образовались связанные между собой территории с преобладающим албанским населением.