В разгар войны, в годы неудач и отступлений православной церкви снова позволили поднять свой голос. Она вместе со всем народом переживала трагедию войны. Оккупация нанесла чудовищный урон всему тому, что еще осталось у православной церкви после революции. Храмы снова подвергали разрушению, их бомбили, били по ним из орудий, сжигали, грабили. Священников вытаскивали из церкви во время богослужения, расстреливали, зачастую вместе с паствой. Верующие не могли об этом молчать, они собирали документы, свидетельские показания, фотоснимки. Всё это легло в основу внушительного тома, от одного прикосновения к которому сжимается сердце. Митрополит Московский и Коломенский Сергий лично патронирует это начинание и пишет предисловие к книге. В ней собрано более шестидесяти фотографий, письма, акты, составленные по горячим следам событий, которые дают потрясающую картину бедствий, насилия, ужаса, обрушившихся на головы гражданского населения на оккупированных территориях. Составители «Правды о религии в России» Митрополит киевский и Галицкий Николай, профессор книговедения Григорий Петрович Георгиевский и протоиерей Александр Павлович Смирнов совершили гражданский подвиг, оставив на память потомкам этот том о чёрных днях фашистской оккупации.
Николай Вирта с большой готовностью откликнулся на обращение Патриархии с просьбой помочь в подготовке книги к печати. Он снова завален работой. Ему пересылали груды писем, обгоревших документов, отрывочных записей рассказов очевидцев, множество фотографий.
Н. Вирта принял участие в книге и как автор одного из очерков, поместив его под псевдонимом Николай Моршанский (его дед был родом из Моршанска). Очерк под названием «В этот день» рассказывает о праздновании Пасхи в Москве в кафедральном Елоховском соборе, когда налёт немецкой авиации был отбит нашими зенитными расчётами и верующие смогли без помех провести эту святую ночь. В Ленинграде, где городские власти ради проведения Пасхи отменили неукоснительно соблюдавшиеся до того ограничения комендантского часа, верующие со всех концов города также стекались в действующие церкви. Но защитники Ленинграда не смогли сдержать массированный налёт немецкой авиации, который задолго готовился фашистами, началась бомбежка, погибло много народа…
Очерк «В этот день» дышит болью и гневом. Он кончается так:
«Мы не забудем всех бомб, сброшенных на наши дома, и особенно тех бомб, что были сброшены в эту ночь, когда свободная совесть свободных русских людей, верующих в Бога, верующих во Христа, трепетала в молитвенном горении. Наступит воздаяние, оно близится, и во имя высшей справедливости не законы милосердия вступят тогда в силу, а суровые законы Бога Отца, карающего преступления человека против лучших устремлений человечества». Н. Вирта не дожил до времен, когда церковь была восстановлена в своих правах и обрела уважение властей.