В 1943 году в Варшаве выдалась на редкость суровая зима. У Рыся разыгрался тяжелый бронхит, который усугубился воспалением легких, и он несколько недель пролежал в больнице, выздоравливая без помощи сильных антибиотиков. Пенициллин был открыт только 1939 году в воюющей Британии, где не было возможности испытать эту плодовитую плесень на людях. Однако 9 июля 1941 года Говард Флори и Норман Хитли перелетели в Соединенные Штаты на самолете с затемненными иллюминаторами, взяв с собой маленькую коробочку с бесценным пенициллином, и приступили к работе в лаборатории Пеории, штат Иллинойс, где изучали роскошные плесневые грибы со всего мира только для того, чтобы обнаружить, что штамм пенициллина из гнилой дыни с рынка Пеории, погруженный в питательный бульон и оставленный для ферментации, порождает в десять раз больше пенициллина, чем любая другая плесень. Необходимые испытания в итоге подтвердили ценность лекарства как лучшего на тот момент антибактериального средства, однако раненые солдаты начали получать его только со дня «Д» (6 июня 1944 года), а гражданским и животным оно досталось лишь после окончания войны.
Когда Рысь наконец-то вернулся домой, лед и снег в весеннем саду уже начали таять, и он помогал выдергивать сорняки, копать и делать посадки вместе с Вицеком (на зиму поменявшим окрас с черного на серебристо-серый), который скакал рядом с ним, словно хорошо обученная собака. Почти сменивший оперенье петух копался в оттаявшем компосте, извлекая жирных розовых червяков, и Антонина заметила, что настоящие куры, те, что жили в курятнике, относились к Кубе как к чужаку, принимаясь при случае яростно его клевать. Зато Вицек позволял петуху забираться себе на спину и устраиваться поудобнее, и Антонина часто видела, как они вместе скачут по саду – наездник и его конь.
До войны ландшафт зоопарка был многообразным: горы, долины, пруды, озера и леса – в зависимости от нужд обитавших там животных и фантазии Яна как директора зоопарка. Однако теперь зоопарк оказался в ведении Варшавского департамента парков и садов, и начальник Яна требовал постоянного увеличения зеленых насаждений, причем, в соответствии с его планом, все рощицы и живые изгороди должны были в точности копировать друг друга. Пражский парк и в особенности обширные лужайки и дендрарий зоопарка подходили для этой цели как нельзя лучше.
Весной директор Кёнигсбергского зоопарка Мюллер, услышав, что Варшавский зоопарк был ликвидирован, предложил купить все пригодные для использования клетки. Его зоопарк, хотя и небольшой по сравнению с тем, что был у Яна, располагался в городе-крепости, основанном тевтонскими рыцарями и считавшемся неприступным. Под конец войны Черчилль изберет Кёнигсберг в качестве одной из мишеней ВВС Великобритании, совершавших «акты устрашения» и в итоге сровнявших с землей большую часть города (включая зоопарк); 9 апреля 1945 года город сдастся Красной армии и будет переименован в Калининград.