В том же году впервые за все время существования Сабуровой дачи губернская управа назначила старшим врачом Харьковской губернской психиатрической больницы не терапевта, а психиатра. Этот пост занял Н. В. Краинский.
Являясь сторонником системы нестеснения (no restraint), 3 июня 1897 года Николай Васильевич лично развязал более 120 душевнобольных и сжег их смирительные рубашки вблизи клумбы у главного входа в главный корпус больницы, предварительно произнеся с балкона речь, в которой призвал к гуманности и сочувствию к психически больным. Много внимания новый старший врач уделял реорганизации и укреплению материально-технической базы Сабуровой дачи.
20 декабря 1897 года заседание губернского врачебного совета одобрило проект Н. В. Краинского, в соответствии с которым впоследствии (в 1900 году) было завершено строительство лечебницы Сабуровой дачи (ныне здание Института неврологии, психиатрии и наркологии АМН Украины).
В должности старшего врача Николай Васильевич работал до 1898 года, когда был откомандирован за границу в клинику Бинсвангера для научного усовершенствования, а затем прикомандирован к клинике В. М. Бехтерева в Военно-медицинской академии. Через несколько лет в книге «Психика и жизнь» Бехтерев развил положения первой крупной самостоятельной работы Н. В. Краинского о применении закона сохранения энергии к психическим явлениям и подтвердил приоритет молодого русского ученого по отношению к немецким специалистам Маху и Оствальду.
В 1899 году Николай Васильевич был назначен старшим врачом Колмовской (в трех верстах от Новгорода) губернской земской психиатрической больницы, где зарекомендовал себя не только прекрасным организатором, общественным деятелем, но и блестящим клиницистом. Комиссия гласных в своем докладе Новгородскому губернскому земскому собранию в 1900 году отмечала: «Колмовская больница представляет собой пример земской психиатрической больницы, которая не переполнена чрезмерно, не страдает теснотой, а потому больные в ней могут содержаться совершенно свободно, согласно правилам современной психиатрии».
Кроме этого, Н. В. Краинский активно публикует свои сочинения. Особенно известной в этот период становится его книга «Порча, кликуши и бесноватые как явления русской народной жизни» (1900) (с предисловием В. М. Бехтерева, который неоднократно бывал и на Сабуровой даче).
Николай Васильевич показал, как на единой основе - сомнамбулизме - у разных народов возникают и развиваются различные заболевания: бесноватость и наваждение в России, эпидемии одержимости в Западной Европе. В своей работе автор доказывал, что и клиническая картина, и трактовка этих заболеваний среди населения, и отношение к таким больным в полной мере зависит от отличий в быту, культуре и мировоззрении разных народов.