Несмотря на административные хлопоты, в Вильно Николай Васильевич продолжает активно заниматься наукой. Его работа «Учение о памяти с точки зрения теории психической энергии» (1903) широко использована В. М. Бехтеревым в книге «Психика и жизнь».
Под редакцией Краинского с января 1904 года в Вильно начинает издаваться «Научный архив Виленской окружной лечебницы» - периодическое издание, выходящее от четырех до шести раз в год. В январе этого же года Николай Васильевич участвует в заседаниях IX Пироговского съезда.
В феврале 1904 года Н. В. Краинский был утвержден в звании директора Виленского губернского тюремного комитета и получил «Директорский билет на право посещения тюрем».
Служил он врачом и в виленском обществе исправительных земледельческих колоний и ремесел, приютов для несовершеннолетних преступников, а также вошел в состав Виленского отделения Императорского музыкального общества, где занимал должность вице-директора.
Работая по линии Министерства внутренних дел, Краинский имел возможность лично познакомиться со многими деятелями эпохи -И. Г. Горемыкиным, Д. С. Сипягиным и другими министрами и товарищами министров. Судьба сводила его с такими столпами Империи, как финляндский генерал-губернатор Н. И. Бобриков, работал он и в непосредственном подчинении киевского генерал-губернатора М. И. Драгомирова. Николай Васильевич пользовался личным расположением В. К. Плеве, которого имел честь принимать у себя и отношение которого к Н. В. Краинскому засвидетельствовано в блестящем отзыве, данном в заседании Государственного совета в январе 1904 года. Приказ об этом Николай Васильевич хранил всю оставшуюся жизнь, как «честь, которой редко кто удостаивался на службе Империи».
Когда началась русско-японская война, Н. В. Краинскому «не сиделось спокойно», и он отпросился в четырехмесячный отпуск в Маньчжурию. Министр Плеве отнесся к этой идее сочувственно, так как Николай Васильевич мотивировал свое желание изучением на поле действий военной психологии, и дал просимый отпуск.
29 апреля 1904 года Н. В. Краинский вышел в отставку, а 10 июня выехал на театр военных действий. Судьба свела его в одном вагоне скорого поезда с ехавшим на войну генерал-майором (тогда) князем Г. И. Орбельяни, командиром так называемой Дикой, или Кавказской конной, бригады, который взял его в качестве «бригадного врача-добровольца».
В Маньчжурии он не раз попадал в самые опасные ситуации. Следует заметить, что именно в годы русско-японской войны общество впервые обратило внимание на необходимость специальной организации психиатрической помощи на фронте. В апреле 1904 года при 1-м Харбинском сводном госпитале открыли психиатрическое отделение, а затем и специальный психиатрический госпиталь.