Несколько раз Н. В. Краинскому случалось видеть Государя Императора Николая II. Он представлялся Ему по возвращении из Маньчжурии в памятный день получения известия о падении Порт-Артура. Государь удостоил доктора милостивой беседы, упомянув, что знает о добровольном прибытии Краинского на фронт.
В январе 1907 года Н. В. Краинский вернулся в Вильну и вновь активно принялся за лечебное дело, научную, общественную работу. В это время выходят такие его сочинения, как: «Психология падших людей» (1907), «Энергетика и анализ ощущений» (1907), речь «Душа и Вселенная» (1911), драма «Во мраке ночи» (1912), «Энергетическая теория сновидений» (1912), очерк «Девочка Машка, собачка Джильда и беспокойный психиатр (Психологическая параллель)» (1912) и другие (одних только книг и брошюр около 20), пользующиеся повышенным вниманием не только читателей-профессионалов.
Особенный резонанс имел доклад «Педагогический садизм», где речь шла о сексуальном садисте инспекторе учебного округа Н. Г. Коссаковском. Публикация этой работы чуть было не довела доктора до дуэли.
Вот что писала самая тиражная газета России «Русское слово» в номере от 28 (15) декабря 1912 года:
«В России. Вызов на дуэль.
ВИЛЬНА, 14.XII. Летом текущего года известный психиатр Н. В. Краинский прочел доклад о душевнобольном покойном педагоге Коссаковском, страдавшем, если так можно выразиться, “экзаменационным садизмом”. Результатом этой болезни было 18 самоубийств учащихся. Сын покойного, подпоручик 1-го стрелкового полка, квартирующего в Лодзи, прислал д-ру Краинскому вызов на дуэль за опорочение памяти его отца. Д-р Краинский ответил, что вызов он принимает».
Николай Васильевич активно участвует в работе Пироговских съездов, съездов врачей Минской губернии, в заседаниях Виленского Императорского медицинского общества и т.д.
Особенный интерес представляет серия докладов и книга «Основные принципы энергетики в связи с абсурдами современной физики» (1908), автор которых независимо от Эйнштейна сформулировал два основных положения его теории - об энергетической сущности массы, которую Николай Васильевич считал изменчивой, и закон инерции энергии. С тех пор Краинский пошел по пути, резко расходящемуся со многими классическими теориями.
Понимая необходимость новых знаний в относительно новых для него областях, в 1908-1912 годах маститый доктор берется за активное изучение математики (а также физики, химии) и получает диплом физикоматематического факультета Санкт-Петербургского университета (1912).
А за работу «Энергетика нервного процесса (процесс нервного возбуждения и искусственный нерв» (1914) Николаю Васильевичу присуждают премию имени О. О. Мочутковского.