Вернувшись в Москву под фамилией «Павлов», он создает из впечатлительных студентов конспиративную сеть «пятерок», общим числом около ста человек, с тайным штабом в книжном магазине Черкесова на Большой Лубянке. Лидер делит своих людей на разряды по степени проверенности и составляет списки живых мишеней грядущей «расправы». Вербуя новых сторонников, «Павлов» блефует, утверждая, что к ним примкнуло уже много тысяч человек и общее восстание буквально на носу. Посылает писателя Прыжова, хорошо знавшего все московские злачные места, агитировать среди проституток и воров. Проституток предполагалось использовать для шантажа «высокопоставленных скотов». Но это дело не задалось, как и попытка распропагандировать тульских рабочих-оружейников, чтобы обзавестись порядочным арсеналом.
Пора проверить, насколько у «собак Павлова» выработался революционный рефлекс. В парковом гроте нечаевцы убивают своего товарища Иванова, который посмел завидовать славе лидера и сомневаться в его полномочиях. После убийства, скрыть которое не вышло, Нечаев бежит в Женеву, где возобновляет издание основанного Герценым «Колокола», а личные деньги добывает, рисуя рекламные вывески салонов и гостиниц, которые выходят у него весьма изящно и пользуются спросом. Кроме того, он пытается обложить «тайным налогом» богатых туристов на курортах женевского озера. Но это даже для его покровителей—эмигрантов оказалось «несколько слишком».
Выдан в Россию швейцарскими властями. Суда не признавал и от адвоката отказался. Достоевский внимательно следил за этим открытым процессом и с отвращением вспоминал молодость, когда и сам он состоял в похожем тайном обществе. В «Бесах» Нечаев выведен как Верховенский, а Шатов как «принесенный в жертву делу» студент Иванов.
Между заседаниями суда, жандармский офицер, рискуя должностью, бил арестанта и выкручивал ему руки, столь возмутительным было его поведение. Студенты в зале рукоплескали своему герою. С эшафота он кричал всем: «Скоро тут будет гильотина народной революции!».
Царь лично распорядился заменить двадцатилетнюю каторгу пожизненным заключением в Петропавловке, где Нечаев и провёл свои последние 9 лет. Со стороны революционеров последовал скорый и «ассиметричный» ответ – убийство императора, в подготовке которого Нечаев принимал прямое участие, не смотря на заключение в крепость. Как такое стало возможным?
Охранять политических отбирали самых морально стойких и твердо верующих военных. Смысл жизни православного человека – поиск встречи с Христом. «Заключенный №5» быстро стал для «низших чинов» крепости если не Спасителем, то героем-мучеником и аскетом уж точно. Нечаевское презрение к своей участи и верность избранному пути помогли им почувствовать себя внутри Евангелия. Более двух десятков караульных передавали его шифрованные записки народовольцам, выполняли все поручения и даже устроили арестанту в равелине встречу с Желябовым – лидером нового поколения нигилистов.