Катодные лучи, которые двигались по вакуумной трубке от отрицательно заряженной пластины, оказались отрицательно заряженными частицами, электронами. Атомы, однако, электрически нейтральны, а потому логично, что существуют и позитивно заряженные противоположности электронов – атомы, у которых отняли часть отрицательного заряда. В 1898 году Вильгельм Вин из университета Вюрцбурга впервые изучил эти положительные лучи, выяснив, что частицы, из которых они состоят, значительно тяжелее электронов, как будто бы это были атомы, которым просто не хватало электрона. Завершив эксперименты с катодными лучами, Томсон решил исследовать эти положительные лучи в серии сложных экспериментов, которые продолжались и в течение 1920-х годов. Сегодня эти лучи называются ионизированными атомами, или просто «ионами», а во времена Томсона их называли каналовыми лучами, потому что он изучал их, используя модифицированную трубку для катодных лучей, в которой вакуумный насос оставлял небольшое количество газа. Электроны, двигавшиеся сквозь этот газ, вступали во взаимодействие с его атомами и выбивали из них другие электроны, оставляя положительно заряженные ионы, на которые можно было оказывать воздействие при помощи электрического и магнитного полей таким же образом, как Томсон оказывал воздействие на сами электроны. К 1913 году группа Томсона произвела измерения отклонения положительно заряженных ионов водорода, кислорода и других газов. Одним из газов, которые Томсон использовал в этих опытах, был неон. Неон, через который проходит электрический заряд в вакуумной трубке, ярко вспыхивает, и аппарат Томсона стал предшественником современной неоновой трубки. Но его открытие было гораздо важнее, чем изобретение нового способа рекламы.
В отличие от электронов, которые имеют одно и то же отношение заряда к массе е/т, существует три различных типа ионов неона, которые имеют такой же заряд, как и электрон, однако не отрицательный (—е), а положительный (+е), но разные массы. Это стало первым свидетельством того, что химические элементы часто включают в себя атомы с разной массой (разной атомной массой), но одинаковыми химическими свойствами. Теперь такие варианты элементов называют «изотопами», но объяснение их существования смогли обнаружить лишь гораздо позже. Однако Томсон уже тогда располагал достаточным объемом информации, чтобы сделать первый шаг к описанию внутренней структуры атома, который был не неделимой основной частицей, как полагали некоторые древнегреческие философы, а совокупностью положительных и отрицательных зарядов, из которой можно вырывать электроны.