После того как эрцгерцог женился и должен был заботиться о семье, он значительную часть года проводил в Коношипте, где создал образцовое хозяйство, которое, подобно Валленштейну, вел с довольно большой для себя выгодой. Возможно, что эта твердая решимость жить способствовала тому, что за последние годы его здоровье несколько окрепло. Но ему никогда не удавалось освободиться от желания держаться подальше от общества и от широкой публики.
У него было очень мало близких друзей, он и не пытался приобретать их. В этом отношении весьма характерно замечание, высказанное им Конраду фон Хетцендорфу. Речь шла о том, как следует организовать производство офицеров в армии. Начальник Главного штаба сказал, что считает нужным держаться хорошего мнения о человеке, пока не узнает о нем что-нибудь порочащее его, и что поэтому иногда слишком опрометчиво давал повышения молодым офицерам. Эрцгерцог ответил на это: «Мы держимся разных взглядов. Вы начинаете с того, что считаете каждого человека ангелом, и потом вас ждет печальное разочарование. Я считаю всякого, кого вижу в первый раз, самым посредственным субъектом и жду, пока он сделает что-нибудь такое, чем мог бы заслужить у меня лучшее мнение».
При таком отношении к людям трудно было, конечно, приобрести хорошую репутацию, этим отчасти можно объяснить враждебные и злорадные сплетни, так широко циркулировавшие в Вене относительно эрцгерцога и его жены и повторявшиеся во многих донесениях представителей держав Согласия. Но те немногие друзья, с которыми он был близок, которые видели его сидящим на полу и играющим с детьми, как его секретари или император Вильгельм, были глубоко ему преданы.
Франц-Фердинанд сосредоточил все свои заботы на армии, флоте и семье; наряду с этим он увлекался охотой, коллекционерством и управлением своим имением.
С 1906 году, с тех пор как личным адъютантом эрцгерцога был назначен майор Брош, эрцгерцог стал непосредственно входить в дела армии. Брош был чрезвычайно умным и способным офицером; он стремился усилить свое собственное влияние, а также и влияние эрцгерцога на военные дела. После долгого сопротивления ему удалось добиться устройства собственной военной канцелярии эрцгерцога, подобно той, какую имел император. С этого времени все важнейшие военные документы, а также донесения военных атташе представлялись в двух экземплярах, и Франц-Фердинанд получал свой экземпляр одновременно с императором; таким образом, племянник был так же осведомлен, как и дядя.
Вскоре он стал принимать более деятельное участие в военных реформах и в реорганизации армии, чем сам император. О его активности в этой области свидетельствует то, что штат его военной канцелярии очень скоро разросся, увеличившись с 2 до 14 человек, так что он был только на 2 человека меньше, чем канцелярия самого императора.