Сталин приехал в Вену, чтобы в спокойной обстановке поработать над книгой по национальному вопросу. А поскольку он не знал иностранных языков, то было договорено с одним русским студентом, который жил в то время в Вене, что тот будет брать из библиотеки необходимые книги и переводить нужные отрывки. А Трояновские и Николай Бухарин, который также находился в то время в Вене, в случае необходимости могли оказывать гостю консультативную помощь.
Работа Сталина по национальному вопросу была опубликована в 3-м, 4-м и 5-м номерах журнала «Просвещение». А тем нескольким неделям, которые он провел в Вене, суждено было сыграть решающую роль в жизни Александра Трояновского.
В Вене жил и Троцкий. У отца с ним никогда не было взаимной симпатии. Отец считал Троцкого человеком хотя и способным, но склонным к авантюрам и очень себялюбивым, «настоящей примадонной», как он любил говорить.
Между тем в том же 1913 году заметно испортились отношения отца с Лениным. Отправной точкой послужило небезызвестное дело Романа Малиновского, который, как выяснилось, был агентом царской охранки. Отец оказался непосредственно причастным к его разоблачению.
В те годы провокаторство создавало большие проблемы для революционного движения в России. Согласно последним подсчетам, только в среде большевиков, меньшевиков и эсеров (правых и левых) действовало свыше двух тысяч штатных секретных сотрудников. Дело Малиновского стало одним из самых нашумевших, поскольку он был депутатом Четвертой Государственной думы, членом ЦК партии, одним из ее видных деятелей.
Услуги Малиновского департаменту полиции были значительными. Он сообщал важную информацию о руководящих органах большевиков, приносил письма Ленина, Крупской, Зиновьева. Ему даже удалось передать архив думской фракции большевиков и список подписчиков «Правды». Он выдал полиции ряд видных большевиков-нелегалов.
Александр Трояновский был одним из первых, у кого зародились подозрения относительно истинного лица Малиновского. Эти подозрения разделялись Еленой Розмирович, Николаем Бухариным и некоторыми другими. В то же время безупречных доказательств вины Малиновского не было. Скорее, это были догадки, основанные на его поведении, манере держаться и т. д. То, что отец считал наиболее убедительной уликой, было связано с поездкой Елены Розмирович в Россию весной 1913 года, когда она получила от Центрального комитета ряд важных поручений, о которых знал и Малиновский. В Киеве она была арестована. Из тюрьмы ей удалось переправить отцу письмо, в котором она писала, что его подозрения в отношении Малиновского имеют веские основания и подтверждаются многими ставшими ей известными фактами. После этого отец направил своему брату в Россию письмо обычной почтой, в котором высказал свои соображения по поводу провокаторской деятельности «одного видного члена партии». В письме, которое конечно же было прочитано в полиции, говорилось, что если Розмирович не будет немедленно освобождена, то это послужит доказательством виновности указанного лица.