Во время войны 1809 года Груши назначают командующим кавалерией итальянской армии. Его молниеносная стремительная атака приносит французам победу в битве при Раабе 14 июня. В знаменитом Ваграмском сражении войска Груши действуют против левого крыла австрийской армии. После того как пехотинцы Даву взяли Нейзидль, все больше отодвигая назад австрийский левый фланг, эрцгецог Карл бросил в бой основную часть своей кавалерии, чтобы ликвидировать прорыв французов. Груши преградил путь австрийцам и в жестоком беспощадном бою, в котором обе стороны показали себя с лучшей стороны, проявив, несомненно, большую храбрость, самоотверженность и отвагу, оттеснил противника, чем обеспечил дальнейшее победное продвижение пехотинцам Даву. Как отмечает Эдли: «В течение этого длительного и сомнительного состязания Груши бесстрашно кидался в каждую опасность; находясь во главе своих эскадронов и действуя с порывистостью и смелостью, достойными Мюрата, он своими приветственными и ободряющими словами вдохновлял своих людей на новые атаки… Его бесстрашие на плато Нейзидль… должно было искупить множество его грехов».
Так же яростно и бесстрашно сражался Эммануэль Груши при Бородино. На Бородинском поле в 1812 году действия его кавалерийского корпуса были безупречны. Позже Груши прикрывал отступление Великой армии из Москвы. Когда в конце кампании он попросился в пехоту (кавалерия была потеряна почти полностью), Наполеон отказал ему, желая сохранить столь блестящего кавалериста. Командуя 3-м кавалерийским корпусом, он выходил против центра российской позиции – Курганной высоты (или Большого редута, как называли батарею Раевского французы). Пока шли ожесточенные бои за этот Большой редут, корпус Груши находился в резерве, однако, будучи расположенным в непосредственной близости от передовой линии, нес потери от артиллерийского огня русских. Во время этой перестрелки командующий 3-м кавалерийским корпусом едва не погиб. В своих воспоминаниях Любен Гриуа, начальник артиллерии 3-го резервного корпуса, пишет: «Моя артиллерия серьезно пострадала, и вскоре два орудия были выведены из строя; большое число людей и лошадей убито. В это время генерал Груши со своим штабом подъехал на край оврага, позади меня, и я был позван к нему. Не успел я приблизиться, как враг обстрелял нашу группу, и тотчас же многочисленные ординарцы и офицеры штаба были убиты или ранены картечью; лошадь генерала Груши, пораженная пулей в грудь, упала, придавив своего хозяина, которого мы посчитали мертвым, но который отделался только сильной контузией…»