В самом начале наполеоновской Египетской экспедиции 1798–1801 годов Мюрат получил очередное воинское звание – чин дивизионного генерала (за Абукир). Сражение произошло 25 июля 1799 года. Возглавляемая Мюратом кавалерия сыграла решающую роль в победном исходе этой битвы. Его стремительный удар привел к прорыву фронта противника. Сам Мюрат, несмотря на то что дважды был уже ранен, вихрем ворвался на командный пункт командира турецкого десантного корпуса Мустафы-паши и вступил с ним в схватку. Паша почти в упор разрядил свой пистолет в налетевшего на него французского генерала, но тут же получил разящий сабельный удар по руке, державшей пистолет. В результате этой молниеносной схватки турецкий паша лишился нескольких пальцев. Мюрату повезло меньше, он получил пулевое ранение в лицо – пуля прошла под нижней челюстью. Мустафа-паша был взят в плен лично Мюратом. Наполеон повысил отважного кавалериста в воинском звании и подарил его бригаде две трофейные английские пушки, приказав выбить на них имя отважного командира.
Ранение Мюрата оказалось не очень серьезным. В своем письме к отцу он писал: «Вы также узнаете, как я был ранен в кровавом сражении у Абукира… Меня уверили, что я отнюдь не буду обезображен. Сообщите же нашим прелестницам – если таковые еще существуют, что Мюрат, несколько утратив красоту, все так же отважен в любви». Гусар даже в этой непростой ситуации позволял себе шутить. В то же время именно в Египетском походе у Мюрата появляется, казалось бы, не свойственная ранее черта – тяга к роскоши. По словам французского историка Люка-Дюбертона, он окружил себя всевозможной восточной «роскошью, как в Каире: толстые ковры, благовонный табак, вино из Смирны: он вновь входит во вкус восточных сладостей и неги, ложится спать раздетым, а когда его предупреждают, что сие весьма неосторожно, он с небрежной откровенностью отвечает: „Тогда я вскочу на лошадь в ночной рубахе. По крайней мере, мои люди смогут лучше разглядеть меня в темноте“».
Именно в Египетском походе Мюрат получил право самостоятельно командовать своими кавалеристами. Именно в боях с арабами он покрыл себя славой. Храбрость его почти безрассудна. Командующий египетскими войсками Мурад-бей гордился и подчеркивал, что его имя созвучно фамилии французского генерала. В битве у Пирамид в качестве военного трофея Мюрату досталась сабля Мурад-бея. Иоахим этим тоже очень гордился. При кровавом штурме крепости Сен-Жан-Дакр Мюрат был ранен, а вторая пуля досталась султану. Турецкий паша сохранил ее у себя как трофей в память знаменитой осады.