Вскоре Наполеон Бонапарт решил покинуть Египет, там он оставлял свою восточную армию. Среди тех, кто оказался на корабле «Каррэре» вместе с будущим императором, был и генерал Мюрат. Он вернулся во Францию.
Известно, что к власти Наполеон пришел при помощи государственного переворота. И вновь, как и в 1795 году, в самые критические минуты на помощь ему пришел Мюрат. Вот как описывал его решительные действия в Парижском зале заседаний Совета пятисот[9] Сергей Захаров: «Во время государственного переворота 18 брюмера 1799 года Мюрат не только поддержал Наполеона, но и был одной из главных фигур в этом деле. Когда все попытки Бонапарта добиться передачи власти в его руки в Законодательном собрании провалились, на сцене появляется Мюрат, который во главе своих солдат, под бой барабанов, входит в зал заседания и, взойдя на трибуну, громогласно заявляет: „Граждане, вы распущены!“ После того как депутаты проигнорировали это заявление, будущий неаполитанский король, отбросив все дипломатические и парламентские тонкости в сторону, выразился более прямолинейно. Отдавая приказ солдатам, он произнес: „Ну-ка, вышвырните эту шушеру отсюда!“ (Правда, Мюрат выразился еще более грубо.) Штыки быстро сводят на нет робкое сопротивление народных избранников». Парламентарии в страхе бросились врассыпную, причем многие повыпрыгивали из окон (благо, что зал заседаний находился на первом этаже). Впоследствии депутаты признавались, что голос Мюрата звучал в их ушах всю жизнь. Так было покончено с режимом слабой и продажной Директории.
Таким образом к власти в стране пришел генерал Наполеон, ставший теперь Первым консулом Французской республики, а фактически военным диктатором. А Мюрат в благодарность за столь активную помощь был назначен им главнокомандующим и инспектором Консульской гвардии. Но главная награда ждала его впереди: Наполеон скрепя сердце согласился отдать ему в жены свою любимую сестру Каролину. Отныне слава, как гусарский ментик, постоянно у Мюрата за плечом. Он принимает участие во всех наполеоновских военных кампаниях: командует кавалерией Резервной армии в Итальянском походе, участвует в переходе через Альпы и в судьбоносной битве при Маренго, одерживает ряд побед над австрийцами, возглавляя авангард армии, занимает Милан и Пьяченцу. Чины и звания сыпятся на зятя Наполеона, как из рога изобилия. В январе 1804 года он назначается на пост генерал-губернатора Парижа с окладом в 400 тысяч франков в год. А 19 мая, сразу же после провозглашения Наполеона императором французов, Мюрат в числе 18 французских генералов становится маршалом Франции, сенатором и кавалером Большого креста ордена Почетного легиона. В начале 1805 года Наполеон жалует ему звание Великого адмирала и принца Империи.