До сих пор в Речи Посполитой была только одна такая коллегия, в Вильно. Баторий даровал ей грамоту на преобразование в иезуитскую академию и университет. За несколько лет было открыто 8 новых коллегий – в Люблине, Полоцке, Риге, Калише, Несвиже, Львове, Дерпте и на родине Батория в Трансильвании, в Коложваре. Были выданы документы на открытие еще двух коллегий, в Гродно и Бресте, но у иезуитов просто не хватило кадров для такого количества учебных заведений. Их создание пришлось отложить.
При Сигизмунде III иезуиты развернулись вовсю. Королевские реформы на Украине – закрепощение крестьян, раздача земель полякам, попытки ликвидации казачества – вроде бы не касались веры. Но они отвлекали общее внимание, а подспудно, тайно, велась подготовка к введению унии. Иезуиты через свою агентуру начали кампанию «исправления нравов» среди православного духовенства. Выискивали компромат на священнослужителей. Находили «слабые звенья». И выяснилось, что накопать можно много. Константинопольская патриархия жила своей жизнью, Украиной мало интересовалась. Священники здесь были разного происхождения, с различным прошлым. Особенная удача выпала, когда стали раскапывать биографию Киевского митрополита Оницифора Девочки, он оказался двоеженцем. Луцкого епископа Кирилла Тарлецкого привлекли к суду за насилие над девушкой.
В 1588 г. Константинопольский патриарх Иеремия отправился за «милостыней» в Москву – ему очень нужны были деньги на строительство кафедрального собора в Стамбуле. Царь Федор Иоаннович и Борис Годунов очень плодотворно использовали его визит. Русская церковь оставалась автокефальной, но управлял ею митрополит – так же, как повелось со времен св. Владимира Крестителя. Русские дипломаты вели с патриархом долгие и непростые переговоры, обхаживали его так и эдак. Выражали готовность и дальше оказывать ему финансовую поддержку. Уговорили. Иеремия согласился рукоположить в патриархи Ростовского архиепископа Иону. Образовалась еще одна патриархия – Московская и всея Руси.
Для врагов нашей страны это было очень неприятным сюрпризом. Отныне Россия становилась уже признанным, полноправным центром мирового православия. В церковной иерархии патриарх стоял на одном уровне с папой римским (изначально папа был таким же патриархом, как Александрийский, Иерусалимский, Антиохийский, Константинопольский). Со временем новая патриархия могла перетянуть под свое влияние и православные структуры в Речи Посполитой. Но на обратном пути, в 1589 г., Иеремия проезжал через Киев, и агенты иезуитов его визит тоже использовали. Постарались представить патриарху подборку скандальных фактов, и он низложил митрополита Оницыфора Девочку, поставил вместо него безвольного Михаила Рагозу. А другой иерарх, попавший под «исправление нравов», епископ Кирилл Тарлецкий, дал согласие сотрудничать с католиками. Поэтому судебное дело замяли, перед Иеремией его кандидатуру представили в самых радужных красках, и патриарх назначил его экзархом (наместником) Киевского митрополита.