С 1993 года Турция закрыла границу с Арменией не только из солидарности с Азербайджаном, но и потому, что турки не могли признать, что массовые убийства анатолийских армян в 1915 году являлись геноцидом. Единственный путь из Турции в Азербайджан теперь лежал через Грузию. Уговорив или заставив экологов замолчать, Грузия с энтузиазмом согласилась на прокладку нефтепровода Баку — Джейхана через свою территорию, чтобы Европа могла получать каспийскую нефть независимо от России. Потом, закрыв железную дорогу из Армении в Карс, спроектировали новую линию Баку — Тбилиси — Ахалкалаки — Карс. Грузия могла рассчитывать на доходы от транзита нефтепроводом или железной дорогой азербайджанских ископаемых и мечтать о поездках без пересадок прямо в Лондон. Благодаря новым доходам, несмотря на страшную заброшенность сельского хозяйства и промышленности, оживлялась гражданская и коммерческая жизнь. Но вопиющий обман и фальсификация парламентских выборов 1999 года возмутили всех, даже иностранных наблюдателей; очевидно было, что кандидатов интересовали только собственное обогащение и парламентский иммунитет. В следующем году на выборах единственным оппонентом Шеварднадзе оказался коммунистический ставленник Джумбер Патиашвили: на выборы вышло меньше половины населения, но Шеварднадзе объявил, что получил 80 % голосов от 76 % избирателей.
Никто не мог предвидеть, что у Путина, выдвинутого, чтобы заменить больного Ельцина, окажется такая железная воля. В октябре 1999 года Путин обвинил Грузию в том, что она помогает чеченцам сплотиться с земляками в Панкисском ущелье. На самом деле Грузия уже давно потеряла контроль над ущельем, но Путин заставил Организацию по безопасности и сотрудничеству в Европе вместе с грузинами патрулировать границу с Чечней и Дагестаном. Затем Путин ввел более строгий визовый режим с Грузией и, несмотря на официальный нейтралитет, выдал русские паспорта жителям Абхазии и Южной Осетии. Появились серьезные перебои в доставке газа и бензина из России.
Невзирая на враждебность нового русского режима, Шеварднадзе почувствовал себя достаточно неуязвимым, чтобы освободить своих злейших врагов, сначала Тенгиза Китовани, затем Иоселиани. (Иоселиани, сидя в тюрьме, писал воспоминания: в книге Три измерения он достаточно откровенно признается в том, что в Грузии перемешались политика, криминал и академическая среда.) Но дни Шеварднадзе как президента были сочтены: Зураб Жвания пригласил вернуться из США талантливого юриста Михеила Саакашвили, у которого под плотным западным лоском скрывалось элитарное советское образование, полученное в Киеве. Саакашвили, став министром юстиции, искал поддержки неправительственных организаций в борьбе за гласность и правопорядок. К ноябрю 2000 года Шеварднадзе разрешил схватку молодых радикалов со старой гвардией, уволив, а затем большей частью восстановив всех своих министров. Кризис не стихал, и в сентябре 2001 года Шеварднадзе ушел из собственной партии (