Неспособность эсеровского правительства организовать сопротивление большевикам вызвало недовольство белогвардейцев. 18 ноября в Омске группа офицеров совершила переворот, в результате которого эсеровское правительство было разогнано, а власть передана популярному среди русского офицерства адмиралу Александру Васильевичу Колчаку, которому присвоили звание Верховный правитель России. Он установил режим воинской диктатуры и приступил к реорганизации армии.
Эсеры после переворота объявили Колчака и Белое движение в целом врагом хуже Ленина, прекратили борьбу с большевиками и стали действовать против власти белых, организовывая забастовки, мятежи, акции террора и саботажа.
Поскольку в армии колчаковского госаппарата и прочих белых правительств было множество специалистов (меньшевиков и эсеров) и их сторонников, а сами они были популярны среди населения России, прежде всего у крестьянства, то деятельность эсеров сыграла важную роль, во многом определяющую в поражении Белого движения.
В сентябре – ноябре между реками Тобол и Ишим произошло решающее сражение между белыми и красными. Как и на других фронтах, белые, уступая противнику в силах и средствах, потерпели поражение. После чего фронт рухнул, остатки армии Колчака отошли вглубь Сибири.
Поражение Армии Колчака под Тобольском привело её к полной деморализации. Распавшиеся на части войска отступали по старому Сибирскому тракту севернее села Большеречье, не оказывая особого сопротивления частям Красной Армии. Угрожая оружием, отнимали у крестьян лошадей, тёплую одежду, продукты питания.
В ходе этого отступления колчаковскими войскам был совершён Великий Сибирский Ледяной поход из Западной Сибири в Восточную. Преодолев более двух тысяч километров, они избежали окружения.
Для Колчака было характерно нежелание глубоко вникать в политические вопросы. Он искренне надеялся, что под знаменем борьбы с большевиками ему удастся объединить самые разнородные политические силы и создать новую твёрдую государственную власть в России.
В это время эсеры организовали в тылу Колчака ряд мятежей, в результате которых им удалось захватить Иркутск. Власть захватил эсеровский Политцентр. 15 января чехословаки, среди которых были сильны проэсеровские настроения и не было никакого желания воевать, выдали находящегося под их охраной адмирала Колчака.
21 января 1920 года иркутский Политцентр передал Колчака большевистскому Ревкому. Боевой адмирал Колчак, учёный-исследователь Северного Ледовитого океана, патриот России в ночь с 6-го на 7-ое февраля 1920 года, унизительно раздетый у проруби на льду реки Ангара, был расстрелян по прямому приказу Ленина.