В феврале 2003 г. ряд оппозиционных организаций, состоящих в основном из отставных военных (Союз офицеров, Союз советских офицеров, Движение в поддержку армии, Союз казаков, Ассоциация ветеранов подразделений специального назначения и специальных служб «Вымпел-Союз» и др.) выступили с инициативой выражения недоверия Иванову С.Б. как министру обороны. К концу мая 2003 г. СПС собрал почти 16 тыс. подписей под письмом президенту В. Путину с призывом немедленно начать реальную реформу армии и отправить в отставку министра обороны С. Иванова («Антикомпромат.ру»). Несмотря на непрерывную критику С.Б. Иванова, неизбежно следовавшую за скандалами и катастрофами в армии, казалось, что он непотопляем. Путин его всякий раз отстаивал. И только 15 февраля 2007 г. произошел очередной «выброс наверх» – горе-министр был назначен первым заместителем председателя правительства РФ и освобожден от обязанностей министра обороны. Иванову было поручено курировать вопросы промышленности, транспорта, науки, связь, ВПК, атомную и космическую деятельность, вопросы обеспечения национальной обороны и правоохранительной деятельности.
Видно, в правительстве забыли, что история с чертовой дюжиной неудачных запусков ракеты «Булава» и перманентный некомплект на околоземной орбите спутников «ГЛОНАСС» – это тоже С.Б. Иванов. Он не мог ввести в строй Глобальную навигационную спутниковую систему (ГЛОНАСС) более трех лет. В ноябре 2012 г. выяснилось, что в «Российских космических системах» (РКС, разработчик «Глонасс») похищено 6,5 млрд руб. Уголовное дело РКС Иванов прокомментировал довольно неожиданно: рассказал по «Первому каналу», что знал о злоупотреблениях, но «терпел я, не подавал вида, потому что понимал, если я начну подавать вид, то это приведет к настороженности и попытке замести следы». Даже после того, как Иванову объяснили, как выводили деньги, и сообщили, что все готово для уголовного дела, он велел с делом повременить и «продолжить работу».
При любом своем провале записной «друг Путина» все с той же лучезарной улыбкой и ясными глазами смотрел на окружающий мир с полной уверенностью в том, что все будет хорошо. Чекистская дружба дорогого стоит. К концу президентства Путина, когда все гадали, кто же будет его преемником, Иванова называли кандидатом номер один. Однако на самом верху властной пирамиды РФ все-таки воздержались от столь рискованного выбора – уж больно активно он рвался к высшей власти – и предпочли Дмитрия Медведева. В поисках истины знакомые Иванова вспомнили один случай, который произошел за несколько месяцев до того, как Путин определился с преемником. Вице-премьер и президент были в одной из азиатских стран, обсуждали поставки систем ПВО. Сидят за столом российская делегация и представители той страны, разговаривают, а Иванов лучше ориентировался в теме обсуждения, зная детали о переговорах по ПВО. Зашла речь о решении по поставкам. Иванов поторопился – начал отвечать первым. Тогда Путин обернулся к нему и вполголоса сказал: «Ты что, уже и за меня отвечать будешь?». Вроде бы давно это было. Но Путин такие попытки «лезть поперек Батьки» не забывает никогда. И не прощает.