Определенный урон понес средний командно-начальствующий состав КБФ – командиры частей и кораблей. Среди них были такие лица, как командиры эсминцев капитан-лейтенант И. К. Скачко (расстрелян) и капитан 3-го ранга В. Ф. Оксман, командир крейсера «Аврора» капитан 2-го ранга В. Е. Эмме, командиры подводных лодок капитан 2-го ранга В. Н. Симановский (расстрелян), капитан-лейтенант С. А. Рогачевский, старшие лейтенанты В. А. Васильев, В. С. Денисов, Н. А. Филов и А. М. Середа, командир 105-й авиабригады полковник А. М. Вирак, командир 31-й авиабригады И. В. Шарапов, начальник отдела ПВО полковник А. К. Стриевский (расстрелян), командир Кронштадтского стрелкового полка полковник В. К. Зайончковский, начальник санитарной службы ВМУ связи им. Орджоникидзе КБФ бригврач П. К. Сивков (расстрелян) и другие.
Среди репрессированных также немало было начальников учреждений и организаций флота – командир Ленинградского военного порта Η. Н. Зуев, командир Лужского порта дивизионный интендант П. Г. Байков (расстрелян), начальник Научно-исследовательского морского института связи инженер-флагман 2-го ранга А. И. Берг, начальник Научно-исследовательского института военного кораблестроения инженер-флагман 2-го ранга Н. В. Алякринский (расстрелян), начальник Военно-морского инженерного училища им. Дзержинского инженер-флагман 3-го ранга Ф. К. Рашевич (расстрелян), помощник начальника III-го отдела АНИМИ Тедер, военные прокуроры КБФ бригвоенюристы И. К. Гай и И. М. Стурман (расстрелян), председатель Военного трибунала КБФ бригвоенюрист Т. П. Сытов (расстрелян)[1383] и многие другие командиры. Вполне естественно, что при такой убыли высших командных кадров, систематически руководить процессом управления и боевой подготовки флота было весьма затруднительно.
По некоторым данным, в результате массовых политических репрессий, на Краснознаменном Балтийском флоте в период с 1 мая 1937 г. по 15 мая 1938 г. было обновлено 62 % командиров соединений, 77 % начальников штабов соединений, 31 % штабных специалистов, 32 % командиров надводных кораблей и 55 % командиров подлодок, 73 % командиров боевых частей надводных кораблей и 61 % командиров БЧ подводных лодок[1384].
Репрессии среди командно-начальствующего состава флота вызывали дополнительную потребность в командных кадрах и вынуждали командование КБФ производить частые и не всегда обдуманные перемещения командиров и начальников на должности.
В дальнейшем, в 1940-начале 1941 гг. репрессии среди командного состава РККА и РККФ резко пошли на убыль и практически не оказывали серьезного влияния на проблему комплектования кадров. Так, за IV квартал 1940 г. Военным Трибуналом КБФ было осуждено по разным причинам 439 военнослужащих. Из них за самовольные отлучки были осуждены 209 человек (42 %), за неисполнение приказаний – 56 человек (11 %), за пьянство – 88 человек (20 %), за нарушение караульной службы – 22 человека (4,4 %), за кражи – 34 человека (6 %), за контрреволюционную агитацию – 9 человек (1,8 %) и за прочее – 76 человек. То есть, по политическим мотивам было осуждено менее 2 % от общего числа арестованных командиров. В I квартале 1941 г. число военнослужащих, осужденных Военным Трибуналом КБФ, оставалось примерно на том же уровне – 494 человека, из которых 449 – по флоту, 39 человек – по военно-морским учебным заведениям и 6 человек – по 8-й отдельной стрелковой бригаде на п-ове Ханко