Однако это было лишь первое из многих бедствий, случившихся за время короткого правления Андроника. Еще худшим злом стала вновь возникшая напряженность в отношениях императора и провинциальной аристократии. Утрата Малой Азии и экономическое и военное возрождение при Комнинах на время положили конец мятежам недовольных полководцев, но теперь они возобновились. Едва Андроник закрепился в Константинополе, как выяснилось, что большинство городов Малой Азии, находящихся под управлением семьи Ватац, отказываются признавать его власть. Весной 1184 года восстание было жестоко подавлено, но Андроник стал параноидально подозрительным: ему казалось, что любой знатный человек, обладающий богатством и землями, что-то против него замышляет. Пойдя гораздо дальше, чем Василий II, Андроник распорядился, чтобы его огромный портрет был помещен на наружной стене церкви в центре Константинополя. На нем император был в крестьянском одеянии и держал в руках серп, и это должно было показать, что он выступает на стороне бедных против сильных мира сего. А перед своими сыновьями Андроник хвастался, что избавит их от гигантов, так что после его ухода под их правлением останутся только пигмеи. Добиваясь этого, он устроил царство террора. Даже ближайшие сторонники императора не были в безопасности. В мае 1184 года по его приказу двух сановников, которые помогли ему прийти к власти, побивали камнями, пока те не потеряли сознание, а затем посадили на кол. Их преступление заключалось в том, что они поручились за друга, подозревавшегося в измене, который потом сбежал из города. Неудивительно, что многие знатные люди, жившие в Константинополе, не стали дожидаться, пока стража Андроника придет за ними, а скрылись за границей, отправившись к норманнскому правителю Сицилии или ко двору султана Салах ад-Дина, основателя династии Айюбидов, который, свергнув Фатимидов, правил теперь Сирией и Египтом.
За пределами Константинополя репрессивное правление Андроника привело к еще более серьезным последствиям, дав толчок росту сепаратизма провинций. В 1184 году один из родственников Андроника, Исаак Комнин, бывший губернатор Киликии, отправился с войском из Малой Азии на Кипр. Там он представил поддельное письмо императора о назначении его на пост губернатора острова. А став правителем, раскрыл свои намерения, провозгласив себя императором. Конечной целью Исаака было дойти до самого Константинополя, но его мятеж привел лишь к отделению Кипра от остальной Византии. Он правил самостоятельно вплоть до 1191 года, когда остров был захвачен королем Англии, Ричардом Львиное Сердце, направлявшимся в Крестовый поход на Святую землю. После этого остров так и не вернулся под власть Византийской империи.