Правление Андроника оборвалось в сентябре 1185 года. Причиной послужило то, что его подручные явились в дом богатого сановника, Исаака Ангела, чтобы арестовать его за измену. Зная, что это означает верную смерть, Ангел вскочил на коня и, убив одного из стражников, вырвался на улицу и галопом поскакал к собору Святой Софии. Укрывшись там, он провозгласил себя императором, и жители Константинополя, которые безмолвно позволили Андронику убить Алексея II, теперь выступили в поддержку Исаака. Видя, как оборачивается дело, Андроник попытался бежать из города, но был схвачен и доставлен обратно. Конец его был ужасен: обезумевшая толпа растерзала низложенного императора на ипподроме.
Воцарение нового императора в лице Исаака II Ангела (правил в 1185–1195 гг.) и новой династии не положило конец сепаратизму и нестабильности. Исаак сидел на престоле меньше года, когда началось восстание в Болгарии. Оно возникло не из-за роста националистических настроений и стремления поквитаться за поражение 1018 года, а из-за недовольства местных дворян их положением в имперской иерархии и высокими налогами. Больше того, поначалу восстание возглавили не болгары, а валахи. Ранее, в 1186 году, когда Исаак II находился в Кипселе во Фракии, к нему явились два брата-валаха, Петр и Асень. Они сделали императору предложение, привычное для византийских правителей: братья готовы были служить со своими воинами в византийской армии за вознаграждение, в данном случае за земли в районе Балканских гор. Когда их просьба была отклонена, валахи разгневались. Началась горячая перепалка, и один из родственников императора ударил Асеня в лицо. Братья уехали, поклявшись отомстить, и вскоре, сыграв на недовольстве валахов введением нового налога, потребовавшегося, чтобы оплатить свадьбу императора, собрали войско и повели его на Преслав. Византийская армия отбросила их за Дунай, но там Петр и Асень заключили союз с тюркскими половцами. В следующем году они вернулись и разгромили византийцев, заставив их покинуть территорию между Дунаем и Балканскими горами. И поскольку теперь Асень и его войско контролировали земли, которые были сердцем старого Булгарского ханства, он провозгласил себя царем Болгарии. В 1202 году византийцам пришлось смириться с неизбежным и признать независимость болгар.
Но потеря Болгарии стала лишь частью более широкого явления. По всей империи местные военачальники объявляли себя правителями в своих округах, начинали сами собирать налоги и не повиновались центральной власти. В Македонии валахский наемник по имени Добромир Хриз, который воевал на стороне византийцев против Петра и Асеня, захватил крепость Струмица и подчинил себе окрестные земли. В Филадельфии в Малой Азии Феодор Мангафас провозгласил себя императором и начал чеканить серебряные монеты со своим изображением. В Греции Лев Сгур захватил Аргос и Коринф. В этих мятежах не было ничего неожиданного и нового. Они возникли на почве давнишнего недовольства многих провинций далекой столицей, которая лишь настойчиво требовала налоговых поступлений и не могла предоставить защиту. Непривычным был лишь масштаб мятежей.