Византийские императоры, правившие после Ираклия, стремясь использовать эти естественные преимущества, реорганизовали армию. Ее больше не держали на границах, а разместили по всей Малой Азии. В то же время прежняя административная система, когда города собирали налоги с окружающих территорий, перестала существовать или, возможно, стала неэффективной. Вместо этого Малая Азия была поделена на семь административных единиц, известных как фемы. На этих территориях, как прежде в экзархатах, гражданская и военная власть были объединены. Каждая фема имела свое войско, и его командующий, или стратиг, был также наместником. Он вел войско в бой, но был ответственен и за сбор налогов, и отправление правосудия. Однако со времен Юстиниана налоговые поступления резко сократились, и нужно было придумать новый способ кормить и экипировать воинов. Вместо денежного содержания им давали землю, на доходы с которой они должны были вооружить себя и купить лошадь.
Теперь им платили только во время военных кампаний, а в остальное время они и их семьи должны были кормиться с хозяйства.
Не ясно, через какие стадии проходило реформирование, прежде чем пришло к столь радикальному варианту, поскольку свидетельств современников о том, как оно развивалось, почти не осталось. Но точно известно, что в 685 году фемы уже существовали, так что созданы они были, вероятно, при Константе II и Константине IV, хотя процесс преобразований продолжался еще долго после этого. В черные, полные отчаяния времена, в VII и начале VIII века, новая система принесла ряд преимуществ. Стратиг был достаточно независим в принятии решений и мог реагировать на внешние угрозы, не дожидаясь приказов из Константинополя: собрать армию, чтобы немедленно отразить нападение арабов. Кроме того, поскольку войска были расквартированы по всей Малой Азии, мобильные конные отряды нападавших не могли проскочить мимо них: они давали отпор, где бы арабы ни собрались нанести удар. И наконец, хотя земля была предоставлена воинам, она все еще принадлежала империи. Ничто не было отчуждено или утрачено.
Военная и административная реорганизация изменила карту Малой Азии. Некогда процветавшие города Древнего мира, составлявшие основу прежней административной системы, исчезли. Магнесия сократилась в размерах до площади около 300 на 250 метров. Пергам, захваченный и разрушенный арабами в 715 году, так и остался стоять в руинах, которые сохранились до наших дней. Но по мере того, как жители покидали эти места, стал появляться новый тип городов, больше подходивших для жизни в то время. Небольшие поселения возникали вокруг