В области политического сыска Каруцкий также был на высоте: так, в Фергане в январе 1930 г. была раскрыта «контрреволюционная организация» из 18 участников, в которую был включён и редактор газеты «Янги Фергана» Л. Алимов. Организации приписывалось умышленное вредительство в хлопководстве и возбуждение таким путём недовольства населения, а редактор был обвинён в том, что браковал статьи про успехи дехкан в ирригации и вредности уразы (поста). А в начале сентября 1930 г. в Ташкенте была арестована эсеровская нелегальная группа из ссыльных эсеров во главе с Е. Е. Колосовым. О качестве собранных чекистами «улик» говорит тот факт, что бывший член ЦК ПСР Колосов отделался в итоге тремя годами ссылки за участие в «антисоветской организации»[156].
Коллективизация взорвала политическую ситуацию в регионе. Каруцкий в начале февраля 1930 г. сообщал в ОГПУ, что из Казахстана прибыло более тысячи хозяйств «голодобеженцев» с большой примесью «байских контрреволюционных элементов», которые ведут агитацию о притеснениях со стороны властей и встречают сочувствие местного населения. Выросла эмиграция, многие дехкане готовились уйти в Западный Китай и Афганистан. ГПУ Туркмении срочно готовило операцию по «изъятию бегущих кулаков». В феврале 1930 г. Г. Г. Ягода и помощник начальника Секретно-оперативного управления ОГПУ Я. К. Ольский отправили Каруцкому в Ташкент телеграмму (а копию — в Новосибирск Л. М. Заковскому): «Бегущих кулаков-одиночек арестовывайте, группируйте по два-три вагона, направляйте [в] Сибирь [в] ссылку, где они Заковским должны быть посланы на работу. Бегущих кулаков [с] семьями задерживайте для направления [в] Казахстан…»
В своих отчётах Каруцкий отмечал сначала неподготовленность властей к «великому перелому»: дескать, «конкретные директивы коллективизации и раскулачивания в республиках Средней Азии отсутствуют». Затем крайнее усердие в раскрестьянивании и решение в несколько недель довести процент коллективизированных хозяйств до 50 и более вынудили нашего чекиста отметить, что «взвинченное головотяпскими мерами население становится восприимчивым к контрреволюционным лозунгам». Каруцкий сообщал, что во всех народных выступлениях звучали требования восстановить в правах раскулаченных лишенцев, изменить налоговое законодательство, а также отменить законы, «защищающие женщин». В одном из женских выступлений прозвучало требование «разрешения выдачи замуж независимо от возраста».
Количество арестованным Каруцким «контрреволюционеров» поначалу было относительно умеренным: если к 15 февраля 1930 г. по СССР в ходе так называемой кулацкой операции было арестовано около 65 тыс. чел., то по Средней Азии — 162 чел., сведённых в две организации и 13 группировок. Для сравнения укажем, что в ряде других регионов цифры арестованных были многократно выше: по Северному Кавказу — 14,5 тыс., Центрально-Чернозёмной области — 7,2 тыс., Сибирскому краю — 6,1 тыс. Постепенно Каруцкий раскручивал карательный маховик, так что к 9 марта в Средней Азии накопилось 993 арестованных, а к 5 апреля 1930 г. — 2.776. Исправное осуждение всё новых и новых «контрреволюционеров» не снижало количества вновь арестованных за политические преступления — к июню 1930 г. в регионе только следственных заключённых было 2,2 тыс.