В это время политическая ситуация очередной раз резко обострилась: деникинская армия начала успешное наступление на Украину, захватив и незадолго до того освобождённый от белых Киев. В конце июля 1919 г. — перед эвакуацией из Киева — в среде борьбистов шли острые заседания с участием Н. Н. Алексеева, М. С. Горба, В. М. Качинского, Г. Б. Смолянского, С. Д. Мстиславского, В. И. Ревзиной и других виднейших украинских левых эсеров. Поскольку после разгрома в Москве так называемого левоэсеровского мятежа партия превратилась в постоянную мишень со стороны ЧК, часть её лидеров склонялась к капитуляции перед коммунистами.
Михаил Горб говорил своему знакомому Леониду Зинченко, что Алексеев прямо поставил вопрос о вступлении в РКП (б) — ради сохранения хоть какого-то политического влияния. Горб и ряд других цекистов поддержали Алексеева. Против резко выступали Вера Ревзина и некоторые другие. Во время эвакуации в Казань Зинченко плыл на одном пароходе со спасавшимися от белых сотрудниками Всеукраинской ЧК во главе с заместителем ВУЧК А. В. Шишковым. От чекистов Зинченко слышал, что Николай Николаевич несколько раз встречался с главой ВУЧК М. Я. Лацисом и что тот Алексееву якобы не доверял. О контактах Алексеева с Лацисом знали Смолянский и Качинский[4].
Не добившись сразу победы своей точки зрения, Алексеев сделал паузу. Во время деникинской оккупации Украины во второй половине 1919 г. он возглавлял подпольный обком борьбистов в Одессе, руководил боевыми группами и партизанскими отрядами. Затем, после успехов в борьбе с деникинцами, политический флирт борьбистов с коммунистами продолжился. Группировка Алексеева контактировала с большевиками, добиваясь определённых гарантий и привилегий.
Хотя борьбисты выступали за замену диктатуры пролетариата на «диктатуру всех трудящихся», были противниками комбедов и к тому же являлись изрядными националистами, украинские коммунисты сочли за благо воспользоваться поддержкой популярных в деревне эсеров. Почти 8-тысячная партия борьбистов была слишком заметна на украинской политической сцене, и большевики в конце 1919 г. согласились на вхождение её представителей в правительство, а также местные органы власти. Это вполне укладывалось в традиционную большевистскую практику использования, по словам Ленина, «полезных буржуазных идиотов».
Поскольку Алексеев оставался сторонником слияния с коммунистами, то весной-летом 1920 г. он, контролируя со своими единомышленниками Политбюро, стал одним из ликвидаторов собственной партии. 10 августа 1920 г. Алексеев подписал обращение о слиянии партии борьбистов с РКП (б). Те борьбисты, кто не согласился примкнуть к ленинцам, попытались заключить союз с левыми эсерами-интернационалистами, но образовавшаяся партия оказалась маловлиятельной. Таким образом, в течение года Алексееву удалось нанести левоэсеровскому движению на Украине два сокрушительных удара и как следует помочь большевикам «зачистить» политическое пространство.