Начальник управления и его заместитель Г. Ф. Горбач 13 мая посетили Транспортный отдел и остались, по словам последнего, очень недовольны расслабленностью работников, которых возглавлял бывший разведчик и особист А. П. Невский: «в 12 часов ночи мы не встретили не только сотрудников, но не нашли даже и ключей от комнат… в самом аппарате, как заявил т. Миронов, неразбериха». В ответ замначальника Транспортного отдела Г. М. Вяткин сокрушённо признал, что три десятка следователей за последний месяц от «массы арестованных» получили всего 22 протокола признательных показаний, поскольку явно «самоуспокоились после троцкистского дела», успешно проведённого ранее. Вскоре Невский, учтя критику Миронова, развернул аппарат чекистов-транспортников на самые широкие репрессии.
Гораздо суровее Миронов в той же середине мая отнёсся к особистам, возглавляемым помначальника управления М. М. Подольским. Того никак нельзя было отнести к мягким чекистам: в бытность начальником Томского горотдела НКВД он активно фабриковал крупные дела, а работая в Особом отделе СибВО, мог вбежать в кабинет к следователю с криком: «Дайте ему (арестованному — А. Т.) вёдерную клизму!» Но Подольский и его заместитель А. Н. Барковский оказались, по мнению Миронова, совершенно беспомощными при вскрытии военного заговора в СибВО. Ликвидировать контрреволюцию в аппарате и частях округа было обязанностью именно особистов, а они, не имея достаточно агентуры в офицерской среде, фабриковали в основном дела на рядовых военнослужащих, что категорически не устраивало Миронова.
Из-за слабости позиций Особого отдела основные следственные действия с арестованными командирами СибВО были поручены начальнику СПО С. П. Попову и его лучшим подчинённым вроде Г. Д. Погодаева, К. К. Пастаногова и М. И. Длужинского. Миронов, оценивший усердие Попова в фабрикации крупных дел, назначил его врид начальника Особого отдела и отправил особистов на стажировку к следователям СПО. (Несколько недель спустя — после назначения Попова начальником Барнаульского оперсектора НКВД — куратором особистов стал глава Контрразведывательного отдела Д. Д. Гречухин.)
Шаг с передачей аппарата особого отдела в руки Серафима Попова полностью себя оправдал: основные следователи СПО быстро добились признания со стороны военных в заговорщицкой деятельности. Сталин и Ежов по достоинству оценили усердие сибиряков: в начале июля 1937 г. большая группа работников УНКВД была награждена орденами. Миронов, а также уже покинувшие Сибирь Курский и Успенский как руководители получили ордена Ленина, остальные семь чекистов — Красной Звезды и Знак Почёта. С. Попов, узнав, что его представили к ордену Красной Звезды, устроил сцену Миронову, потребовав себе более высокую награду. И Миронов уступил, в результате чего Попов, как и сам начальник управления, получил орден Ленина