Как вспоминала Агнесса Ивановна, супруг устроил для гостей торжественный приём с танцами, не пожалев свежих овощей и фруктов из оранжерей Новосибирска. Такое радушие со стороны начальника управления должно было развеять нехорошие мысли Льва Миронова, чьи коллеги по центральному аппарату в большинстве своём уже парились на Лубянке как участники «ягодинского заговора». Но вскоре всю московскую делегацию арестовали, запихнули в столыпинский вагон и отправили в столицу.
Правда, здесь Миронов только ассистировал комиссару госбезопасности 1-го ранга В. А. Балицкому. Когда Л. Г. Миронов возвращался в Москву с группой подчинённых, он не знал, что 6 июня начальник УНКВД по Дальне-Восточному краю В. А. Балицкий получил шифровку из Москвы с приказом арестовать Миронова. Возможно, загодя предупреждённый Балицкий ехал вместе с ним, поскольку уже 7 июня отчитался об исполнении приказа. Вероятно, начальника союзной контрразведки «брали» именно в столице Запсибкрая. По крайней мере, Балицкий некоторое время пробыл в Новосибирске, где встретился — в присутствии С. Н. Миронова — с секретарём крайкома Эйхе и неосторожно затронул в разговоре острые политические темы. Надо полагать, Эйхе был в курсе относительно ареста Л. Г. Миронова и его команды.
Когда Сергей Миронов услышал жалобы члена ЦК Балицкого кандидату в члены Политбюро Эйхе на то, что арестованный Ягода говорит всё, что подсказывают следователи и «топит» без разбора правых и виноватых, он сильно насторожился. А Балицкий прямо заявил, что обстановка в органах НКВД сложилась такая, что арестовать могут каждого в любой момент и получить любые показания, так как в Лефортовской тюрьме узников избивают. Упомянул он с тревогой и о своём знакомстве с арестованным командармом И. Э. Якиром. В словах Балицкого прозвучало косвенное осуждение и нового наркома Ежова, дававшего санкции на многочисленные аресты чекистов.
Мироша совершенно не впечатлился словами Балицкого о пытках. Ведь в застенках УНКВД ЗСК под прямым давлением С. Н. Миронова и его подчинённых уже дали убийственные признания многие видные личности, включая руководителей СибВО. Высокие начальники в присутствии Миронова рискнули обсуждать крамолу высочайшего уровня, поэтому своевременное донесение об этом по «своей линии» могло вознести Миронова. И он, чуя поживу, тут же взялся за карандаш. Получив из Новосибирска материал на Балицкого, Ежов 19 июня немедленно приказал ему сдать дела и выехать в Москву, где в начале июля разоткровенничившийся чекист был арестован как «заговорщик». Возможно, что Роберт Эйхе (если он не просигнализировал о нелояльных словах Балицкого) оказался скомпрометированным перед Сталиным. Подозрительный вождь мог решить, что Эйхе согласился с Балицким…