.
После первых арестов Ксенофонтов скрылся из Якутска и собрал вооружённый отряд, который, однако, почти не предпринимал каких-либо активных действий. Однако размах движения, насчитывавшего около 200 участников и носившего преимущественно ненасильственный характер, сильно испугал центральные власти. Так, 24 ноября 1927 г. Политбюро ЦК ВКП (б), рассмотрев вопрос о политическом положении в Якутии, постановило поручить ОГПУ принять срочные меры для ликвидации «бандитизма» (несуществующего!), но избегать расстрелов и лишь в исключительных случаях приводить в исполнение приговоры о высшей мере наказания — по согласованию с органами ОГПУ Сибири и Дальнего Востока. Для поддержки якутским чекистам отпустили ещё четверть миллиона рублей.
Но выступление Ксенофонтова не удалось подавить быстро. И 22 декабря того же года Политбюро принимает специальное постановление, где говорилось уже о подавлении не бандитизма, а прямого восстания в Якутии. Начальник Якутского облотдела ОГПУ Н. В. Петров подлежал немедленному снятию с должности, а «для выяснения причин восстания и выработки необходимых политических, хозяйственных и культурных мер для полного успокоения Якутии» было признано необходимым немедленно послать в республику комиссию во главе с Я. В. Полуяном и видным работником Особого отдела ОГПУ С. В. Пузицким.
Попытки местных властей не допустить кровопролития вызвали жёсткую реакцию центра. 26 января 1928 г. Политбюро приняло третье по счёту постановление о положении в Якутии, в котором констатировался конфликт партийных властей с карательными органами: «Неисполнение оперативных распоряжений ГПУ, а также политические переговоры с бандитами являются грубым нарушением [со стороны] бюро обкома директивы ЦК». Высший партийный синклит приказывал привлечь к ответственности через Центральную контрольную комиссию весь состав бюро Якутобкома ВКП (б) и предписывал «правительству Якутии никаких разговоров с прибывшими в Якутск представителями бандитов не вести и передать это целиком ОГПУ».
В итоге руководство Якутии было отстранено, а фактическая власть перешла к оперативной тройке по ликвидации бандитизма. Её составили временно исполняющий должность секретаря Якобкома ВКП (б) К. К. Байкалов, особоуполномоченный ОГПУ по Якутии С. М. Буда (бывший помначальника Томского окружного отдела ОГПУ) и председатель СНК ЯАССР С. В. Васильев. В преследовании ксенофонтовцев участвовали красноармейские сводные отряды И. Я. Строда (255 чел.), бывшего якутского чекиста Н. Д. Кривошапкина-Субурусского, К. М. Котруса и других. В распоряжении тройки было несколько опытных сибирских чекистов (Ф. Т. Воротилов, Кунцевич), а также «варяги» из Центра во главе с помощником начальника Особого отдела ОГПУ С. В. Пузицким.