Районное начальство лично вымещало пережитый страх на безоружных пленных: секретарь райисполкома Стакановский «на глазах публики избивал арестованных наганом», а заведующий райземотделом Непомнящий по приказу Сыроежкина сжёг посёлок в 10 дворов, причём, как отмечалось, без ведома райкома партии. При подавлении восстания также были сожжены два хутора. Эти методы чётко копировали те, что практиковалось в гражданскую войну, когда Сыроежкин усмирял тамбовских крестьян. Сигнал инструктора Тимофеева осел в архиве и на карьере Сыроежкина, похоже, не отразился[335].
Следствие велось с аналогичной жестокостью, его задачей было не только наказать настоящих мятежников, но и приплести к повстанцам возможно большее количество участников[336]. В декабре 1968 г. допрошенный при проверке дела М. А. Аникин показал, что в каинской тюрьме следователь принуждал его сознаться в бандитизме и «бил меня камчой (плетью — А. Т.) по правому боку». В итоге власти осудили 225 повстанцев. Сначала тройка полпредства ОГПУ по Запсибкраю в октябре 1931 г. постановила расстрелять тридцать активистов — Ф. Т. Чупилко, И. И. Аверченко и других. Коллегия союзного ОГПУ 19 февраля 1932 г. осудила 190 человек, из которых трое — Иван Александров, 1900 г. р., Алексей Иванов, 1889 г. р., и Степан Шевелев, 1894 г. р. — были расстреляны. 40 человек (С. Т. Колбин, П. П. Шкундра и другие) получили по 10 лет, 105 (М. В. Ливанов, Н. П. Хохлов и другие) — по пять лет, 1 — шесть лет, 20 — по три года концлагерей (причём четверым из них срок сократили на треть). Одного отправили вместе с семьёй отбывать ссылку в «кулацкий спецпосёлок», ещё одного — П. З. Жеребцова — освободили с прекращением дела, а 19 арестантам зачли срок предварительного заключения.
Осуждённых отправили в Сиблаг и Вишерские лагеря. Вскоре один из них — 57-летний П. Т. Бражников — смог бежать из 1-го Мариинского отделения Сиблага, прервав свой десятилетний срок. В течение 1932–1933 гг. в местах заключения погибли шестеро осуждённых по делу о восстании, а всего до 1953 г. умерло 15 заключённых-чумаковцев.
Почти пять лет шёл розыск скрывшихся организаторов восстания. В феврале 1936 г. сибирские чекисты смогли задержать живших по поддельным документам Г. И. Гамзулева (он же Иван Корягин), 1906 г. р., его старшего брата Максима 1901 г. р. (он же Егор Бекехтин) и П. Д. Петрова (он же Никита Бутов). Год спустя их судил краевой суд, приговоривший Г. Гамзулева в расстрелу, а остальных — к 7 годам заключения каждого. Спецколлегия Верховного суда РСФСР снизила срок заключения Петрову до трёх лет, приговор остальным был оставлен в силе. В мае 1937 г. Президиум ВЦИК отклонил прошение Г. Гамзулева о помиловании. За розыск и поимку главаря Крещенского восстания чекист Л. А. Маслов был награждён премией в размере 500 руб.