Но в начале 1937 г. Успенский получил повышение и уехал в Оренбург. Барковский вздохнул свободней (в январе 1937 г. он некоторое время был даже врид начальника Особотдела), но не успел оценить последствий уменьшения круга забот особистов в связи с тем, что в то время на базе упразднённого ЭКО был создан Контрразведывательный отдел, куда перевели значительную часть военных контрразведчиков. Особый отдел несколько сжался, утратив кураторство над оборонной промышленностью и ряд других функций.
Об оперативной работе местных особистских отделений некоторое представление можно получить по приёмно-сдаточной ведомости от 14 февраля 1937 г., подписанной бывшим замначальника особого отдела 78-й стрелковой дивизии в Томске П. И. Циунчиком. Он оставил своему сменщику следующее оперативное хозяйство — 19 агентурных разработок (одна из них — «Стихотворцы» — была уже ликвидирована с арестом фигуранта) и две «агзацепки» (одна называлась «Родня», другая была заведена на преподавательницу немецкого языка Ташмелеву). Кроме того, Циунчик передал и 34 досье, в том числе на одного из командиров роты 234-го полка.
Служивший под началом Циунчика молодой оперативник М. Н. Гусев впоследствии жаловался, что тот недооценивал агентурно-оперативную работу: всего лишь раз присутствовал с ним на явке, а из-за вялой вербовки всё осведомление по 232-му стрелковому полку в Томске в конце 1936 г., по словам Гусева, составляло едва дюжину человек, «что явно недостаточно». Также Гусев обвинял бывшего начальника в том, что Циунчик оценивал агразработки шпионского характера «Уличённые» и «Приятельница» как «абсолютно бесперспективные», хотя в 37-м фигуранты этих разработок были расстреляны как японские шпионы[362].
Слабым местом своей работы военные контрразведчики считали то, что они практически не имели агентуры среди офицеров и довольствовались сводками от сексотов-красноармейцев, что не позволяло получать серьёзный компромат на командный состав. Пережив реорганизацию, особисты весной 1937 г. совершенно неожиданно для них попали под удар, организованный новым начальником краевого УНКВД С. Н. Мироновым.
Тот стремительно раскручивал маховик репрессий и искал заговорщиков повсюду. Чекисты старались, но, как видел Миронов, с разными результатами. Секретно-политический и Контрразведывательный отделы отлично справлялись с разоблачениями групп «шпионов», «диверсантов» и «повстанцев», а вот Транспортный и Особый позорно отставали. В частности, особисты никак не могли выйти на след «правотроцкистских заговорщиков» в частях СибВО. Это было совершенно нетерпимо, поэтому удачливого начальника СПО Серафима Попова (будущего главу УНКВД по Алтайскому краю) Миронов по совместительству назначил руководить особистами, чтобы те поучились у передовиков быстро «колоть заговорщиков».