Отдельно Миронов и Зарубин отобрали 47 человек, которые представляли для разведки интерес как источники ценной информации, могли быть использованы для оперативной работы за рубежом или выражали желание в случае начала войны с Германией сражаться на стороне СССР. В. С. Меркулов поручил нашим героям составить справки и характеристики на отобранных «доверенных лиц», а также следить, чтобы агентов случайно не отправили на расстрел вместе с основной массой обречённых.
А когда пришло время решать польский вопрос по-сталински радикально, Василий Миронов по мере сил участвовал в расстрелах польских военнопленных, которых столь пристально изучал и тем самым по возможности спасал от пули. Чистые руки разведчикам сохранить не удалось. Волевым решением работников внешней разведки обязали принять участие в казнях — Берия, сомневавшийся в лояльности оперативников ИНО, распорядился окрестить их кровью.
Распоряжение Политбюро ЦК от 5 марта 1940 г. о массовом уничтожении военнопленных было выполнено за несколько недель в течение мая-июня. Специальная тройка в составе В. Н. Меркулова, начальника экономического управления Б. З. Кобулова (также особо доверенного бериевца) и начальника учётно-архивного отдела НКВД СССР Л. Ф. Баштакова оформила осуждение всех поляков за «антисоветскую деятельность» к высшей мере наказания. Всего в Катынском лесу под Смоленском было расстреляно 4.421 чел., в Старобельском лагере близ Харькова — 3.820 чел. и Осташковском лагере в Калининской области — 6.311 чел. Ещё 7.305 поляков казнили в порядке «разгрузки тюрем» западных областей Украины и Белоруссии.
Всего от рук НКВД погибло 21.857 польских граждан (преимущественно поляков, евреев и немцев). На расстрел отправили 11 генералов, одного контр-адмирала, 77 полковников, 197 подполковников, 541 майора, 1.441 капитана, 6.061 поручика, подпоручика, ротмистра и хорунжего[398]. Большой процент их составляли представители интеллигенции, призванные в польскую армию из запаса. Такое массовое убийство означало гибель примерно каждого 250-го взрослого поляка. Символично, что одновременно с советскими казнями была проведена известная нацистская «Акция А — Б» по уничтожению польской интеллектуальной и государственной элиты.
Разведчики, превращённые в карателей, были затем возвращены к основной работе. В 1941 г. Миронова отправили в Соединённые Штаты, где он три года проработал рука об руку с Зарубиным. Но отношения между ними явно не складывались.
Ночью 7 августа 1943 г. в Вашингтоне Василий Миронов бросил в почтовый ящик письмо, адресованное американской контрразведывательной службе — Федеральному бюро расследований. Послание попало по адресу и было прочитано со всем вниманием, хотя психическая сомнительность автора в нём так и сквозила. Корявый стиль, грубые грамматические ошибки («стратигический, «Голивуд», «Филаделфия») выдавали невысокую грамотность представителя элиты НКВД — политической разведки, который не то что на английском, на родном языке изъяснялся не вполне свободно. Интерес анонимка вызвала несомненный, поскольку в ней вполне определённо расшифровывались советские разведчики, действовавшие под дипломатическим прикрытием.