Инициативы Варейкиса сочетались с должностными обязанностями Алексеева, получившего недвусмысленные инструкции из Москвы. По директиве ОГПУ СССР от 2 февраля 1930 г. Алексеев должен был срочно арестовать и осудить тройкой при полпредстве ОГПУ от трёх до пяти тысяч «активных кулацко-белогвардейских контрреволюционных элементов» и выслать в Северный край 10–15 тыс. членов их семей. «Кулацкая операция» разворачивалась в области стремительно, с большим перевыполнением контрольных цифр: на 5 февраля было арестовано 1.616 чел. и ликвидировано 43 «контрреволюционных группировки», на 15 февраля — 7.183 чел., ликвидировано 143 группировки. К 5 марта чекистами, помимо мелких группировок, было ликвидировано 11 «повстанческих организаций» общей численностью 161 чел. В феврале — мае 1930 г. из области было выселено почти 43 тыс. «раскулаченных».
Крестьянский протест не замедлил и огромная область забушевала. За период с декабря 1929-го по 14 февраля 1930 г. (то есть к моменту приезда Алексеева) в области произошло 38 антиколхозных выступлений с 25 тыс. участников. В с. Полтавка Репьевского района Острогожского округа 31 января 1930 г. против политики властей выступило почти всё село — около двух тысяч человек. Во время перестрелки были тяжело ранены два местных коммуниста. 2 февраля выступление подавили с помощью воинских частей — четверо крестьян оказалось убито, 105 — арестовано. Всего в Острогожском округе с 4 января по 5 февраля массовые выступления произошли в 20 сёлах.
В с. Тишанка Таловского района Борисоглебского округа 19 февраля по набатному звону выступили 3,5 тыс. человек с требованием раздачи обобществлённого скота и инвентаря. Крестьяне разобрали скотину, избили председателя колхоза и двух милиционеров, а также потребовали в 24 часа вернуть арестованных с Соловков и возвратить священникам конфискованные дома. Под лозунги: «Долой Советскую власть!», «Долой колхозы!» встали и три соседних села — Александровка, Шанино и Новая Чигла. В тот же день отряд ОГПУ численностью в 100 чел. и вооружённый тремя пулемётами арестовал 60 участников выступления, а затем к ним добавились ещё около двухсот задержанных. Впоследствии чекисты отчитались, что агентурным путём выявили в Новой Чигле «повстанческую группировку».
В Сосновском районе Козловского округа во время сбора семенного хлеба 16 февраля 3 тыс. крестьян выступили с лозунгом: «Семфонд мы не дадим!» и попытались освободить арестованных, а 22 февраля в том же округе в шести сёлах Берёзовского района толпа пыталась разгромить коммуну «Красный пахарь», причём коммунары открыли огонь, застрелив одного крестьянина и ещё двух ранив. Были зафиксированы и другие выступления в ряде районов с числом участников 1000 — 1.500 чел. Ответ ОГПУ был сокрушительным: в течение января и февраля 1930 г. при поддержке частей Отдельной дивизии особого назначения ОГПУ в Льговском, Острогожском и Елецком округах чекистами были ликвидированы 132 «организованные повстанческие группы»