Также деятельность полпреда оказалась отмечена массовыми арестами инакомыслящих и фабрикацией ряда крупных дел против «бывших». В июле-августе 1930 г. «органы» изъяли большое количество бывших антоновцев, белых, социалистов, монархистов и прочих «контрреволюционеров». Чекисты отмечали большой успех проведённой операции, отразившейся на масштабах антисоветских действий: если за март 1930 г. в области произошло 625 крестьянских выступлений, то с августа по ноябрь — только 53. Было ликвидировано более 50 повстанческих отрядов, изъяты 271 винтовка, 852 обреза и 821 револьвер.
Алексеев уверял руководство ОГПУ, что по области отмечается усиленная работа партии эсеров, представители которой руководят повстанческими организациями. Чекисты одну такую организацию, построенную якобы «по принципу дореволюционных эсеровских кружков», ещё в начале 1930 г. нашли в Белгородском округе, заявив, что её возглавлял бывший офицер и член Союза освобождения Украины. Пять «эсеровских повстанческих организаций» ликвидировали в Тамбовском округе, в сентябре 1930 г. крупная эсеровская организация была разгромлена в Корочанском районе. Согласно версии ОГПУ, повстанческая организация «Таловская» имела свои ячейки в большинстве сёл Таловского района и насчитывала 275 чел[30].
Центрально-Чернозёмная область была вторым по значению (после Ленинградской области) районом распространения иосифлянского движения в русской православной церкви, враждебно относившегося к любым уступкам со стороны церковного руководства по отношению к безбожной власти. Именуя себя истинно-православными, сторонники епископа Козловского Алексия (Буя) в конце 1920-х гг. отвергли власть митрополита Сергия и взяли под контроль более 80 приходов епархии. Репрессии против истинно-православных начались сразу, а в 1930–1932 гг. приобрели особенно массовый характер.
Весной 1930 г. чекисты раскрыли огромную «повстанческую организацию» «Истинно-православные христиане», состоявшую из 492 участников, в том числе 81 священнослужителя и 75 монахов. Организация имела свой руководящий центр в Воронеже и в 1929-м провозгласила открытую борьбу с властью. Полпредство ОГПУ уверяло, что «истинно-православные» создали свои опорные пункты в Тамбове, Козлове, Боброве и многих районах, располагая как руководителями, так пропагандистами и связниками. Опорные пункты, в свою очередь, опирались на ячейки в сёлах, которые создавались так называемым церковным активом. Именно этой организации чекисты приписали организацию многочисленных восстаний в нескольких округах области в январе и феврале. К повстанческой деятельности иосифляне вряд ли имели прямое отношение, но антиколхозную агитацию вели активно. К 1 апреля 1930 г. по делу «истинно-православных христиан» было арестовано 286 чел.