.
Главным делом Алексеева в Сибири, помимо завершения коллективизации, стала фабрикация двух огромных дел, уничтоживших и стёрших в лагерную пыль тысячи крестьян и интеллигентов — «заговора в сельском хозяйстве» и «белогвардейского заговора». Удар по «бывшим» — офицерам и священникам, торговцам и служащим царского и колчаковского правительств, зажиточным крестьянам — был беспощадным. Новый полпред утёр нос спецам своего предшественника Л. М. Заковского, которые посадили и расстреляли очень многих, но так и не смогли представить московскому начальству убедительных доказательств существования масштабной общесибирской повстанческой организации.
Ещё в 1931 г. работники Секретно-политического отдела усиленно разрабатывали дело «Паутина», утверждая, что «факт существования на территории ЗСК широко разветвлённой и сложно построенной, многочисленной по составу к-р организации является установленным». Считалось, что в Сибири под прикрытием Общества по изучению Сибири и её производительных сил (ОИС) — крупнейшего в регионе научного общества — осуществлялась консолидация вредительской организации, а Совет ОИС формировался из лидеров «отраслевых вредительских групп». По агентурной разработке «Паутина» проходили бывший генерал-лейтенант, главком Уфимской директории Василий Болдырев, известный учёный-библиограф, директор краевой библиотеки Пантелеймон Казаринов, писатель Максимилиан Кравков, а также около тридцати других видных интеллигентов Новосибирска, Томска и Омска, впоследствии большей частью осуждённых по делу «белогвардейского заговора» и другим делам.
Однако людям Заковского не удалось осудить даже «головку» общесибирской заговорщицкой организации. Напрасно замначальника Особого отдела СибВО А. К. Залпетер в апреле 1931 г. просил, чтобы на Лубянке сняли показания против В. Г. Болдырева с арестованных в рамках огромного дела «Весна» военачальников А. А. Свечина и А. А. Балтийского — те не дали никаких компрометирующих материалов против Болдырева, арестованного по прямому предложению начальника Особого отдела союзного ОГПУ Я. К. Ольского. Заковский в ответ заявил, что полагаться на благоприятные для Болдырева показания Свечина и Балтийского не стоит, предложив подчинённым искать «новые факты на Болдырева» на месте. Но те не справились с поручением полпреда. В итоге Болдырев, проведший несколько месяцев за решёткой, был освобождён.
В докладной записке по «Паутине» от 17 октября 1931 г. говорилось, что следствие по делу арестованных членов контрреволюционной группы ОИС и Западно-Сибирского географического общества закончено и направлено в Коллегию ОГПУ. Но дело оказалось прекращено и возвращено в Новосибирск — с указанием, что в следственных и оперативных материалах нет доказательств наличия сговора обвиняемых, заранее обусловленного образа действия, целевой установки, нелегальных организационных связей, то есть всех тех «элементов, присущих оформленной подпольной организации». Почти одновременно с «Паутиной» лопнуло дело о вредителях в Сибирском геодезическом управлении. Арестованные по указанным делам восемь человек были освобождены, причём пятеро из них дали подписку о сотрудничестве с ОГПУ…