В 1652 году благоверный князь Даниил был прославлен обретением святых нетленных мощей, которые 30 августа были перенесены в церковь в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. Сам князь был причислен к лику святых.
Прежний монастырь постепенно оскудел и опустел, а место его стало называться «сельцо Даниловское». На протяжении многих десятилетий здесь стояла лишь деревянная церковь во имя преподобного Даниила Столпника, а могила князя Даниила не имела ограждения, так что мало кто знал, кто здесь лежит. Но с какого-то времени это место стало известным, так как здесь стали происходить различные чудеса.
Как-то раз великий князь Иван III ехал вдоль Москвы-реки мимо места, где находилась могила Даниила Московского. Под одним из его воинов споткнулся конь, и воин увидел какого-то князя, который сказал: «Я господин месту сему, князь Даниил Московский, здесь положенный». Он просил воина сказать князю Ивану, чтобы тот не забывал его.
Узнав о видении ратника, Иван III повелел установить традицию почитания предка, петь панихиды, совершать трапезное поминовение. С тех пор московские князья стали поминать своего предка. А он еще не раз являлся – и при сыне Ивана III великом князе Василии III Ивановиче, и при его внуке – Иване Грозном.
Именно благодаря последнему был восстановлен Данилов монастырь, но не на прежнем месте, а немного севернее, через овраг. Указ об устроении обители и возведении каменного собора Иван Грозный издал в 1547 году, а построен он был в 1560 году. Годом позже его освятил во имя Святых Отцов Семи Вселенских соборов в присутствии самого царя, его сыновей Иоанна и Федора митрополит Макарий.
Спустя десятилетия, в 1983 году Данилов монастырь стал первым, возвращенным Церкви, – для устройства официальной резиденции Московской Патриархии.
В 1652 году благоверный князь Даниил был прославлен обретением святых нетленных мощей, которые 30 августа были перенесены в церковь в честь Святых Отцов Семи Вселенских Соборов. Сам князь был причислен к лику святых. Примерно в это время в соборе появилась древняя икона Владимирской Богоматери, на которой изображены Иван Грозный, царевич Иоанн и митрополит Макарий. Ее можно увидеть и в настоящее время.
После революции 1917 года в Свято-Даниловом монастыре находили приют согнанные властями с кафедр и ушедшие на покой архиереи. К концу 20-х годов XX века монастырь остался последним и единственным островком православия в большевистской России. А мощи святого Даниила еще в 1917 году перенесли в Троицкий собор монастыря.
Надкладезная часовня, воздвигнутая в честь 1000-летия крещения Руси Данилов монастырь