Во время Второй мировой войны «Братья-мусульмане» участвовали в терактах, в частности против правительства короля Фарука. После его свержения организация поддерживала светское революционное правительство Насера. В декабре 1948 года представитель организации убил египетского премьера, и в 1949 году организация была распущена. Ее основатель Хасан ибн Ахмад аль-Банна был убит правительственными силами в Каире в феврале 1949 года.
В 1954 году один из членов организации, которой было позволено возобновить деятельность, пытался убить Насера во время одного из митингов в Александрии, за что в очередной раз организация «Братья-мусульмане» была запрещена, а более 4 тысяч ее членов арестованы, в том числе Сейид Ибрахим Кутб – главный идеолог. Многие из «братьев» бежали в Иорданию, Ливан, Саудовскую Аравию и Сирию. В 1964 году Насер в очередной раз легализовал деятельность организации и освободил всех политических узников. Это привело к волне покушений на президента. В 1966 году вождям «Братства» был вынесен смертный приговор, а остальные снова были брошены в тюрьмы.
Преемник Насера, Мухаммад Анвар ас-Садат, обещал реформы, в том числе введение закона шариата. Подписанный им мирный договор с Израилем очень возмутил «Братьев-мусульман», и, скорее всего, они приложили руку к его убийству в 1981 году. Три года спустя власти Египта снова разрешили «Братьям» деятельность, но только как религиозной организации. В конце 1980-х годов по рекомендации «Аль-Гамаа аль-Исламия» («Исламский джамаат») тысячи людей разместили свои средства в возглавляемых членами «Братьев-мусульман» инвестиционных организациях, которые обанкротились.
От «Братства» отделились более радикальные группировки. Одна из них, «Ат-Такфир ва-ль-Хиджра», получила печальную известность после нападений на магазины и ночные клубы во время мятежей в 1977 году. Другая фракция образовалась в Египетской военной академии. Ее члены планировали переворот, который был подавлен в зародыше. Самой известной была группировка «Аль-Джихад», которая организовала покушение на Садата и планировала мятежи в Асьюте в 1981 году.
В 2011 году, после Арабской весны в Египте, которая привела к свержению Махаммада Хосни Сайида Мубарака, «Братья-мусульмане» пришли к власти в лице президента Мухаммеда Мурси. Он был свержен в результате переворота в 2013 году, а предводители организации арестованы. 23 сентября 2013 года египетский суд запретил любую деятельность «Братьев-мусульман» на территории страны и конфисковал их имущество. 25 декабря 2013 года египетский суд признал «Братьев-мусульман» террористической организацией.