Еще в 1932 году я с группой других студентов порвал с РСХД, руководитель которого в Прибалтике И. А. Лаговский начал активно проводить антисоветскую политику и вербовать среди членов боевиков и политпропагандистов. Быть врагом своей родины я не хотел. Меня оставили при университете в аспирантуре.
Моя работа при университете продолжалась полтора года. В этот же период и было положено начало моему постепенному отходу от веры. Занимаясь изучением Библии, я прежде всего столкнулся с проблемой так называемой богодухновенности Библии. Студенты ленинградских духовных школ, думается, вспомнят, как часто я говорил на лекциях и уроках: "По учению православной церкви" или: "Православное богословие считает". Это я делал в каждом случае, когда внутренне не мог согласиться с тем учением, которое, как профессор православной школы, обязан был раскрывать и освещать учащимся. И вот именно тогда еще я, самостоятельно занимаясь проблемами библеистики, увидел из доводов и открытий подлинной науки, что Библия составлялась постепенно, развивалась в процессе исторической жизни еврейского народа век за веком, что отдельные книги ее принадлежат совсем не тем авторам, которым их приписывает традиция. Я увидел, что в Библии, - несомненно, нужном для исторической науки памятнике древней письменности, - сложно переплетаются мифы и сказки Древнего Востока, летописные и фольклорные предания, образы древней литературы и поэзии, магические заговоры эпохи человеческой дикости - словом, что она не имеет ничего общего с откровением бога на земле.
Начавшийся в Эстонии в 1936 году расцвет национализма вынудил меня покинуть университет. Я получил русский приход в Таллине, преподавал на русских частных богословских курсах, продолжал писать и печататься, но в моей душе жила глубокая неудовлетворенность.
А затем началась Великая Отечественная война. Год в Советской Армии, демобилизация и работа священником в Перми. В конце войны меня перевели в освобожденный Таллин. В 1946 году я узнал о готовящемся открытии Ленинградской духовной академии. Осенью я уже был в Ленинграде, чтобы начать работать профессором кафедры священного писания Ветхого завета. На меня возложили еще должность инспектора (проректора) академии.
Инспекторствовал я три года и год был "врио" ректора. Я навидался косности, ограниченности, тупости кастового духовенства и хотел воспитывать новых будущих служителей церкви всесторонне развитыми, далекими от суеверного фанатизма, наставниками в доброй активной жизни и здоровой нравственности. При мне воспитанники ходили в театры, устраивались постоянные киносеансы, поощрялось чтение художественной литературы, проводились лекции по общеобразовательным и политическим вопросам, вечера вопросов и ответов.