Результатом были крупные неприятности: я-де веду слишком светскую линию, мало внимания отдаю постам и бдениям... Надо, чтобы воспитанники жили, по существу, одной святоотеческой литературой и были вместе с пресловутыми "святыми отцами" людьми, стоящими на уровне культурного и научного развития первых пяти веков нашей эры. Я подал в отставку с поста инспектора.
Я не отметил, что по возвращении в освобожденный Таллин я не нашел свою семью. Запуганная фашистской пропагандой и получив ложные сведения о моей смерти, моя жена с двумя дочерьми выехала в Германию. Позже я узнал, что она развелась со мной и, выйдя замуж, увезла моих детей за океан. В 1951 году я вступил во второй брак. Мне пришлось за это испытать немало упреков от фанатиков. Находились церковные руководители, которые всерьез мне говорили: "К чему вам брак, живите, с кем хотите. Вы же не старик. Это вам простят, только бы все было без шума. Но канонов не нарушайте..." Я же хотел и в личной жизни быть честным человеком... Это, по-видимому, понял и патриарх. Я подал прошение о снятии с меня сана. Но, увы, и это не избавило меня от рясы. Патриарх, не желая подавать другим примера к снятию сана, предпочел оставить меня в академии профессором и "под вечным запрещением в священнослужении", но с ношением рясы. На лекциях я должен был продолжать носить это ярмо отсталости и регресса.
Между тем я пережил еще один этап своего развития. В 1948-1949 и 1949-1950 учебных годах я, помимо своего предмета, взялся читать маленький курс истории религии, который решено было ввести в академии. Работа над историей религии завела меня много дальше той православной благочестивой "наукообразности", которую я должен был преподавать ради обличения безбожия, по мысли вводившего этот курс митрополита Григория.
Углубленное, подлинно научное сравнительное изучение религии дало моему формировавшемуся многие годы атеизму то последнее звено, которого мне недоставало. Все у меня встало на свои места. Мир религии представился единым процессом развития превратных представлений и суеверий, отражением земных отношений в пустых небесах, где нет места никаким высшим духовным силам.
От "причастия святых тайн" корни протянулись к диким кровавым обрядам ряда первобытных народов, священники и архиереи побратались с шаманами, священное писание стало окончательно документом и проповедником рабовладельческой морали, бог по отношению к верующим - небесным отражением некоего универсального рабовладельческого идеала, для которого все и навсегда рабы, чаще всего дурные. И сам сатана оказался не врагом божьим, а в лучшем случае божьим чиновником по особо щекотливым карательным поручениям.