Новые правители столицы повелели явиться престарелому владыке в Успенский собор в полном святительском облачении, и там содрали с него митру и мантию, отняли драгоценный посох, облачили в простую монашескую рясу, вывели из собора и, бросив в крестьянскую телегу, увезли на заточение в Богородицкий монастырь, что в городе Старице.
Так Лжецарь отплатил своему недавнему благодетелю, в свите которого он впервые появился в Боярской думе. Дело в том, что патриарх Иов отменно ведал приметы Отрепьева, и тот поспешил от него избавиться.
Князья Голицын, Рубец Мосальский и дьяк Богдан Сутупов, выполняя приказ Лжецаря, жестоко расправились и с Федором Годуновым и с его матерью. Но не своими руками: казнь вершили дворяне Михаил Молчанов и Ахмет Шарафединов, бывшие опричники Ивана Грозного. Михаил Молчанов «прославился» на Москве тем, что был бит кнутом за «чернокнижие», а Шарафединов — за особую свирепость при пытках «воровских» людей. Они, в сопровождении стрельцов, явились на старое подворье Бориса Годунова, захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь». Затем палачи задушили Марью и Федора.
После свершения казни боярин Василий Голицын изъявил народу, что царица и царевич со страху «испиша зелья и помроша». «Самоубийц» положили в простые гробы и выставили их на всеобщее обозрение. Сотни людей видели следы от веревок, коими были задушены царица и Федор, но бояре запретили похороны по христианскому обряду: самоубийцы не подлежать христианскому погребению. Трупы отвезли в женский Варсонофьев монастырь, что на Сретенке, и там зарыли вне стен церкви.
Свежая могила Бориса Годунова в кремлевском Архангельском соборе была спешно раскопана, труп был привезен в тот же Варсонофьев монастырь и брошен ту же яму, в коей закопали его жену и сына. Царская семья воссоединилась в одной могиле.
Вернувшийся из ссылки Богдан Бельский, не принимал участие в расправе над царицей, коя доводилась ему двоюродной сестрой, но именно он и Петр Басманов приказали громить дворы Годуновых и их сродников. Почти все Годуновы были сосланы в Сибирь и в Нижнее Поволжье. Одного лишь Семена Годунова отправили в Переяславль-Залесский, где он был умерщвлен в темнице.
Ожидала смерти и царевна Ксения.
Василий Пожарский был подавлен. Сколько бед и напастей свалилось за последнее время! Умер царь Борис, убиты царевич Федор и царица Марья. Мать, Мария Федоровна, удалена из дворца и ныне, ожидая опалы, закрылась в хоромах на Лубянке. Но больше всего сердце беспокоится за судьбу царевны Ксении, не находит себе места. Царевна в страшной беде! Она может принять участь своего брата. Ее надо спасать!