В 1988 г. в недрах аппарата афганского Совмина, возглавлявшегося С.А. Кештмандом, начался сбор информации об издержках и «преступлениях» советской стороны в Афганистане, которой планировалось в случае необходимости придать форму своего рода «Белой книги».
Как бы там ни было, день 15 февраля 1989 г. настал. Войска Ахмад Шаха Масуда установили контроль над стратегически важным перевалом Саланг, по которому, однако, продолжался гражданский грузопоток. Ничего больше не произошло — зима. В кабульском аэропорту ежедневно продолжали приземляться 7–8 советских транспортных самолетов с боеприпасами и продовольствием. Теперь только эти «борты» оставались «стратегическими гарантами» Кабула. Как выяснилось, хватало и этого. Поддержка СССР демонстрировалась, и ее видели все, в том числе противники Наджибуллы в самом афганском руководстве. Президент подошел к этому моменту отнюдь не с голыми руками. По договоренности с советской стороной был создан солидный стратегический запас боеприпасов и топлива, ремонтные базы. Возглавив Совет обороны страны, Наджибулла сумел укрепить преданными себе профессиональными кадрами ряд гарнизонов, в частности центральный армейский корпус в Кабуле, корпуса в Джелалабаде, Кандагаре и Герате. Продолжал героически сражаться полностью блокированный моджахедами гарнизон Хоста. Однако главным мероприятием президента надо считать создание преданной, отлично вооруженной и обученной Национальной гвардии, структурно входившей в Министерство государственной безопасности. Ее солдаты и офицеры вынесли основную тяжесть боев в самых горячих точках страны, обеспечивали охрану и оборону столицы. На вооружении ракетных дивизионов гвардии стояли тактические комплексы Р-300 (СКАД), Луна 2-М, а также весьма эффективные системы залпового огня «Ураган». Укомплектованность этих частей бронетехникой, ствольной артиллерией, личным составом была доведена к началу 1989 г. почти до штатной положенности. Опорой Наджибуллы были и некоторые территориальные формирования. Наиболее видное место среди них занимала 53-я пехотная дивизия во главе с вышедшим из народа командиром чапаевского типа, уроженцем провинции Джаузджан узбеком Абдулом Рашидом Дустумом, который впоследствии сыграл трагическую роль в судьбе Наджибуллы.
Весной 1989 года при поддержке пакистанских пограничных малишей, бронетехники и авиации регулярной пакистанской армии отряды полевого командира Д.Хаккани совместно с вооруженными группами А.Р. Сайяфа и Ю.Халеса предприняли массированное наступление на административный центр провинции Нангархар город Джелалабад. Оборона города и командование первым армейским корпусом были поручены Наджибуллой генералу Лудину, несмотря на определенные трения, имевшиеся между ними. Генерал, высокий профессионал своего дела, с блеском выполнил поставленную задачу, разгромив группировку противника в стратегически важном уезде Кама, тем самым, отразив обходной удар в сторону центра афганской энергетики — уезда Саруби. В итоге отряды оппозиции отступили почти до пакистанской границы. В ходе весенне-летней кампании 1991 г. удалось ликвидировать еще один серьезный плацдарм оппозиции на юге-юго-западе зоны обороны Кабула. Была разгромлена Гардезская группировка Исламской партии Афганистана, на стороне которой сражались наемники из ряда арабских стран. Были созданы предпосылки для деблокирования гарнизона города Хоста и выхода непосредственно на пакистанскую границу к районам проживания позитивно относящихся к Наджибулле племенам районов Хайбер и Вазиристан Северо-западной пограничной провинции Пакистана, а также в зону влияния родного племени президента — ахмадзаев — в провинции Пактия. Все эти события показали, что режим Наджибуллы уверенно стоял на ногах, имел солидный запас прочности, позволявший противостоять уже подлинной иностранной агрессии — пакистанской (и это при иллюзорной — к середине 1991 г., на уровне 2–3 самолетов в день — поддержке СССР), в то время как за моджахедами стояла пакистанская военная машина, финансовая и политическая мощь США, Саудовской Аравии, ОАЭ, Ирана, отчасти Судана и Ливии.