Русская церковь оставалась в подчинении патриархата Византии вплоть до падения Византийской империи в 1453 году. Одновременно с отделением от него и расцветом Московского государства происходили и самобытное развитие, и русификация православной церкви. В это время в ней и начались первые разногласия.
Уже тогда наметился первый внутренний раскол на два течения. «Иосифляне», названные так по имени настоятеля Волотского монастыря, выступали за слияние церкви и государства и видели задачу церкви в упрочении и развитии ее богатства как символа власти. Иной точки зрения придерживались «нестяжатели», знаковой фигурой которых стал отшельник Нил Сорский, выступавший за раздел имущества церкви между бедными и за отделение от государственной власти, «чтобы ни один церковный пастырь не посмел дрожать перед ней».
Мнения разделились и в отношении отправления религиозных обрядов. Первые выступали за строгое выполнение правил литургии, так как считали, что только в великолепном церковном пении богослужение могло найти свое достойное выражение; последние же, наоборот, считали, что сила молитвы заключается исключительно в религиозной медитации, не совместимой с установленными ритуалами.
Кроме того, наметились еще два направления — западников и славянофилов. Бороться с этим можно было только с помощью третейского судьи — светского носителя решений, выражающего интересы церкви. Это решение, уже принятое царем Алексеем, стало осуществляться царем Петром Великим в начале XVIII столетия. С тех пор Россия не имела патриархата (вплоть до 1917 г.), а высшим церковным органом считался «Священный Синод» во главе с «обер-прокурором», назначаемым Царем в качестве высшего светского управителя. С тех пор участились попытки отдельных религиозных общин создать, на их взгляд, «истинную форму религии и церкви». При жизни Распутина городское население, по меньшей мере его образованные слои, «интеллигенция», уже давно разделилось на атеистов, протестантов, сектантов мистического и рационального направления, масонов и нигилистов. Только последние держались в стороне от бесконечных (и бессмысленных) дискуссий, которые казались им излишними в связи с ожидаемым к началу нового столетия светопреставлением.
Чувство возрастающей неуверенности подготовило плодотворную почву не только для политической, но и для религиозной демагогии. Из Швеции и Литвы была импортирована секта «евангелистов», которая видела в каждом человеке живое воплощение церкви. Когда верующий находится в состоянии экстаза, то, согласно философии «евангелистов», это значит, что в него вселяется «святой дух», который в давние времена в этом случае должен был заменить предполагаемого «демона».