12 августа 1906 года, того года, когда начала работу первая Государственная Дума, а в городе Петербурге и его окрестностях было объявлено чрезвычайное положение для сохранения спокойствия и порядка, в три часа дня у входа в дом министра внутренних дел на Аптекарском острове взорвалась бомба. Находящийся на посту молодой часовой увидел, как у его товарища оторвало голову. Это была не единственная жертва: всего убито 27 человек, 23 — тяжело ранены, некоторые из них — смертельно. Сам министр остался невредим, зато от взрыва пострадали его дети — один из сыновей и дочь, получившая неизлечимую травму ног.
Неподкупность и лояльность Столыпина вынудили его быть откровенным с государем. Все, что выходит за пределы его политической компетенции или может каким-то образом скомпрометировать царя, Столыпин старается от него скрыть. Его первое впечатление о Распутине оказалось не таким положительным, как ему хотелось бы иметь в угоду Николаю, но Столыпин не захотел огорчать царя, пока не появились конкретные на то основания.
«Я глубоко сожалею о захватившем православную церковь кризисе, свидетелем которого в настоящее время Вашему Величеству довелось стать», — в такой завуалированной форме Столыпин описывает свою первую встречу с Распутиным. Появившиеся во многих рассказах утверждения о том, что дабы Столыпин сам позвал Распутина, чтобы тот помолился у постели его больной дочери, — вероятнее всего один из вымыслов, которыми так богата русская мемуарная литература. В любом случае, Столыпин сначала не мог выдвинуть против Распутина ничего конкретного и решил из вежливости утаить от царя, насколько несимпатичен ему сибирский мужик. Однако, пока никто не подозревал, какими злейшими врагами вскоре станут Столыпин и Распутин.
В середине 1907 года для Распутина наступил решающий момент в жизни, когда царская чета, и прежде всего царица, пришли к осознанию его бесспорной необходимости. Вот что пишет здравомыслящая, отнюдь не подверженная влиянию Распутина, сестра царя Ольга Александровна о том, свидетелем чего ей довелось стать:
«Алексею едва исполнилось три года, и он упал во время игры в парке Царского Села. Он даже не заплакал, рана на ноге была небольшой, но ушиб вызвал внутреннее кровотечение, и несколько часов он страдал от ужасных болей. Царица позвала меня, я тут же пришла к ней.
Это был первый кризис из множества других, последовавших за ним. Бедное дитя лежало перед нами, скорчившись от боли, нога ужасно распухла, под глазами темные круги. Врачи были беспомощны. Они с испугом смотрели на это, как и все мы, и долго шептались. Казалось, ничего нельзя сделать, и через несколько часов они совсем потеряли надежду. Было уже поздно, и мне посоветовали уйти.