1 штаб (начальник штаба, начальник разведки, начальник связи и другие специалисты);
1 партийно-политический аппарат (секретари партийной и комсомольской организаций);
1 три разведывательные роты специального назначения (одна на БМП-1 и две на БТР-60ПБ), списочный состав каждой роты был порядка 120 человек, в каждой из рот имелось по тринадцать бронеобъектов; в каждой роте находились прикомандированные военные переводчики из числа курсантов-стажёров Военного дважды Краснознамённого института МО СССР;
1 рота вооружения («оружия» или рота огневой поддержки, она же — «четвёртая рота» или «гранатомётная рота», как её называл В.С. Шарипов) в составе управления, взвода автоматических гранатомётов АГС-17 «Пламя», огнемётного взвода РПО «Рысь» и сапёрного взвода;
1 отдельные группы боевой поддержки и боевого обеспечения (зенитно-артиллерийская в составе четырёх боевых машин ЗСУ 23х4 «Шилка» и группа специальной радиосвязи);
1 отдельные взводы тыла (автомобильный или взвод подвоза, а также взвод материального обеспечения);
1 тыл (начальники служб тыла и складов имущества);
1 батальонный медицинский пункт (в штате состояли хирург и врач-анестезиолог, здесь же имелась автоперевязочная машина; при размещении «мусбата» в районе дворца Тадж-Бек стационарное помещение для медпункта было оборудовано в недостроенной двухэтажной казарме афганского танкового батальона).
По ряду свидетельств, перед вылетом в ДРА пистолеты марки ПМ («Пистолет Макарова»), стоявшие на вооружении у личного состава «мусульманского» батальона, были заменены на более старые модели пистолетов ТТ («Тульский Токарева»). Стрелковое оружие калибра 5,45-мм также осталось на армейских складах в Советском Союзе, вместо него были получены 7,62-мм автоматы АКМ (АКМС) и пулемёты РПК (РПКС). Объяснялось это тем, что при боевом применении данных образцов стрелкового оружия имелась возможность пополнять боекомплект припасами, «добытыми на месте». Так, в частности, к пистолету ТТ подходили патроны от широко распространённых в афганской армии автоматов ППШ («Пистолет-пулемёт Шпагина») и собственно ТТ советского и китайского производств. В свою очередь для стрельбы из 7,62-мм АКМ (аКмС) и РПК (РПКС) могли использоваться патроны от АК-47, СКС и собственно АКМ и РПК, стоявших на вооружении афганской армии и других силовых структур ДРА.
Другой мотивацией данного решения могло быть вполне объяснимое желание руководства ГРУ ГШ принять дополнительные меры по соблюдению режима секретности. Ведь в то время автоматы АК-74 (АКС) калибра 5,45-мм находились на вооружении только у Советской армии.