С образованием отдельных отрядов (батальонов) и бригад спецназа военной разведки расширился круг поставленных перед ними задач. В их число вошли в частности проведение диверсионных операций по уничтожению (выводу из строя) важных объектов в тылу и тыловой зоне противника, а также содействие организации и развитию партизанского движения.
20 июня 1961 года Центральный комитет КПСС принял постановление «О подготовке кадров и разработке спецтехники для организации и оснащения партизанских отрядов». В развитие этого постановления Генеральным штабом ВС СССР 5 февраля 1962 года издаётся директива, в которой предусматривались меры по подбору и подготовке кадров для развёртывания партизанского движения в военное время.
Здесь в частности командующим войсками военных округов предлагалось провести сборы и организовать курсы для обучения руководящих работников в целях подготовки к действиям в особый период. Военнообязанных, прошедших такое обучение, в военных комиссариатах приписывали по новым военно-учётным специальностям.
В августе 1965 года начальником Генерального штаба Вооружённых Сил СССР было утверждено и введено в действие в качестве руководящего документа специальное «Наставление по организации и тактике партизан». В соответствии с этим руководством управление партизанским движением в тылу противника возлагалось на партийные органы. Само же указанное ранее наставление предназначалось для генералов и офицеров военной разведки, в том числе и спецназа, «непосредственно связанных с боевой подготовкой личного состава по тактике партизанских действий».
К январю 1964 года группировка сил военной разведки специального назначения Советского Союза включала в себя 12 отдельных рот, 5 отдельных батальонов (отрядов) и 10 отдельных бригад спецназа сокращённого состава (во всех приграничных военных округах, а также Московском и Киевском ВО), развёртывание которых предполагалось в особый период и (или) в военное время. К концу 1964 года состоялась незначительная реорганизация данной группировки.
Тогда в составе сил советского спецназа без изменений осталось количество входящих в него соединений, то есть отдельных (скадрованных. — Примеч. В.К.) бригад специального назначения. Осталось два отдельных батальона (отряда) спецназа в Группе советских войск в Германии и Северной группе войск, то есть в Польше. Число отдельных рот специального назначения сократилось до шести, а дислоцировались они в Северо-Кавказском, Приволжском, Уральском, Сибирском и Забайкальском военных округах, а также в Южной группе войск, то есть в Венгрии.