Первоначально, после ареста, Феликс Дзержинский назвался Жебровским Эдмундом Ромуальдовичем, дворянином из Минска. Этим он надеялся выиграть время, для того чтобы из его квартиры удалили всю компрометирующую литературу. Однако небольшой выигрыш во времени мало что дал для заключенного в Ковенскую тюрьму Дзержинского. Ничего вывезено из квартиры так и не было.
При обыске на квартире Дзержинского нашли вырезки из легальных и нелегальных газет, нелегальную литературу. Была обнаружена также настоящая библиотека для рабочих, с книгами иногда до пяти экземпляров отдельных произведений. После обнаружения книг Дзержинского у рабочих его обвинили в распространении запрещенной литературы. На него стало оказываться физическое и психологическое давление. Несмотря на то, что он находился под следствием и являлся, согласно российскому законодательству, несовершеннолетним, его постоянно сажали в тюремный карцер без воды и пищи. Применялись и телесные наказания — били до потери сознания[256]. На это же указывал в своем исследовании даже эмигрант Р. Гуль: «В первой тюрьме «Астроном» провел год. Из тюрьмы писал товарищам: «жандармы бьют меня, и я им отомщу»[257]. Телесные наказания и бесконечные очные ставки оказались малоэффективными. Показаний на других Дзержинский не дал.
Только через продолжительное время режим содержания Дзержинского улучшился. Через брата Станислава он смог получать книги. Начинает Дзержинский и системное изучение немецкого языка. Впрочем, послабления были не во всем — и Дзержинский вынужден был обращаться с заявлением на имя тюремной администрации с протестом против запрещения пользоваться марками, бумагой и конвертами, оставленными для него в тюремной конторе Станиславом[258]. К этому времени вследствие длительного тюремного заключения у него возникли проблемы со здоровьем, особенно ухудшилось зрение: «глаза немного разгулялись», как писал об этом сам Дзержинский[259].
Постепенно сформировалось обвинение. Дзержинского обвиняли в принадлежности «…к тайному преступному сообществу, именующему себя «Союз борьбы за освобождение рабочего класса»[260]. Он подавался, несмотря на свой юный возраст, как уже сформировавшийся революционер, опасный для режима. «Как по своим взглядам, так и по своему поведению и характеру, — писал виленскому прокурору начальник ковенского жандармского управления, — личность в будущем очень опасная»[261]. Обвинение в принадлежности к «Союзу борьбы за освобождение рабочего класса» было не случайным. По делу Петербургского союза проходил Борис Гольдман (Горев) (член союза с 1895 г.), с которым у Дзержинского оставались личные связи. Весной 1897 г. Горев был арестован, после чего закономерным было внимание властей к его виленским знакомым. Всего по «делу Дзержинского», как оно теперь именовалось, проходило 12 человек.