В начале Великой Отечественной войны этапирован в Онежские лагеря, прошел пешком около 400 километров, неся на себе свои вещи. Работал на лесобирже, голодал, так как не вырабатывал нормы. В июне 1942 освобожден и выслан в Омскую область, где работал ночным сторожем.
7 ноября 1943 в ссылке в очередной раз арестован и перевезен в Москву. На допросе 10 апреля 1944 заявил: „Я не мог примириться с советской властью, не признающей религию. Я не смиряюсь и теперь, что ведется борьба против религии (так в тексте!). Но все это мои личные убеждения, и их никому из своих близких не навязывал и не призывал вести борьбу против советской власти“. В 1944 приговорен к 8 годам лишения свободы. Содержался в Сибирских и Темниковских лагерях, Дубравлаге. Работал ассенизатором, занимался плетением лаптей. С 1947 — на инвалидности по возрасту.
После освобождения из лагеря в мае 1954 — марте 1955 содержался в Зубово-Полянском доме инвалидов. В марте 1955 ему было разрешено выехать в город Тутаев».[114]
Епископ Вениамин (Виктор Дмитриевич Милов; 08.07.1877–02.08.1955). 28 октября 1929 был арестован, обвинен в нелегальном преподавании детям Закона Божьего, 23 ноября того же года приговорен к трем годам лишения свободы, находился в лагере в районе Медвежьегорска. В 1932–1938 — внештатный священник в церкви Великомученика Никиты во Владимире. В храме исполнял обязанности псаломщика, а литургию служил тайно на дому. 15.06.1938 был вновь арестован, обвинен в антисоветской агитации и в членстве в контрреволюционной организации, пытками был вынужден признать вину. 31.07.1939 приговорен к восьми годам лишения свободы, находился в заключении в Устьвымьлаге.
15 июня 1946 освобожден, с июля 1946 жил в братстве Троице-Сергиевой лавры. С 1946 — преподаватель, с 1947 — доцент, в 1948–1949 — профессор по кафедре патрологии и инспектор Московской духовной академии. Также преподавал апологетику, пастырское богословие, догматику и литургику, много проповедовал. Защитил магистерскую диссертацию, подготовленную им еще до ареста.
10 февраля 1949 года был арестован в последний раз, обвинен в участии в антисоветской организации (по материалам еще довоенного дела). 15.04.1949 выслан на поселение в Казахстан. Первоначально работал сторожем в колхозе в районе города Джамбул, затем получил разрешение поселиться в этом городе, где был священником Успенской церкви. В 1954 освобожден из ссылки и назначен настоятелем Ильинской церкви в Серпухове.
4 февраля 1955 года архимандрит Вениамин был хиротонисан во епископы и назначен на Саратовскую кафедру. При вручении новопоставленному епископу архипастырского жезла патриарх Алексий I сказал: «Неисповедимые пути Промысла Божия вели тебя до сего времени узкой и трудной стезей многоразличных испытаний и скорбей. Но все трудности и страхи победила твоя непоколебимая вера, подкрепленная любовью ко Христу, явившему нам Своим беспримерным подвигом страданий ради нашего спасения образ терпения и покорности воле Отца нашего Небесного».