Таким образом, Европа образовывала так называемый «третий пояс мудрости», аккумулировав в разнообразнейших мистических и магических практиках сохранившиеся осколки более древних знаний греческого, римского или восточного происхождения. Даже в эпоху позднего средневековья и разгула инквизиции эти знания устойчиво сохранялись в виде народных суеверий, колдовских заговоров, знахарства, разнообразных языческих обрядов.
С установлением и всеобщей и окончательной победой христианства основной акцент медитативных практик сместился в сторону длительных молитв и схоластических рассуждений. Молитвы длились по часу-полтора (а то и по нескольку часов), что также представляло собой не что иное, как медитацию.
Более сложные и отточенные медитативные практики существовали в католических и православных монастырях (причем они сохранились и по сей день – например, в литургиях). Особенно это относится к закрытым духовным орденам (например, доминиканцев, тамплиеров, госпитальеров), где существовала сложная многоуровневая иерархическая структура.
Деятельность высших кругов этих орденов была закрытой не только для мирян, но и для служителей низших кругов орденской или церковной иерархии. Сохранившиеся отрывки немногочисленны, и все они представляют собой благодатную почву для современных исследований – с целью реконструкции быта и практических деталей духовной практики таких орденов. Однако и сейчас можно сделать вывод о наличии специальных упражнений.
Так, например, одно из высказываний тамплиеров гласит: «Ищи сокровище в сердце своем», что полностью соответствует многим тайным восточным учениям. Известно также существование «Логос-медитации», «Иисусовой молитвы» в православии, и, с другой стороны – «экзерстицй» иезуитов. Система медитативной практики, развитая основателем ордена иезуитов Игнатием Лойолой, описывалась как «технология воображения», направленная на психическое развитие индивида и его духовное перерождение. В наше время многими серьезными исследователями были отмечены существенные совпадения между основными элементами этих духовных упражнений, практикой йогической медитации и фрейдовской психотерапией.
Святой преподобный Серафим Саровский медитировал часами, погружаясь в себя и приобщая свое сознание Богу, хотя слово «медитация» и отсутствует в описаниях его жизни. Иисусова молитва («Господи, Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя, грешнаго!»), которой он придавал большое значение, повторялась им многократно, как и беспрерывное чтение мантр на Востоке (Джапа-медитация).