Назначение руководителями процесса над тамплиерами этих отъявленных мерзавцев оправдало ожидания Филиппа. Низость и предательство стали фундаментом обвинений. Главными свидетелями тогда выступили несколько бывших храмовников, исключенных из Ордена за совершенные преступления. Среди них особой подлостью выделялся Эскен де Флойран - бывший приор Монфоконский, приговоренный в свое время Великим магистром за убийство одного из рыцарей к пожизненному заключению. Теперь, желая отомстить, он охотно подтверждал немыслимые обвинения инквизиторов и, стараясь угодить королевскому канцлеру, сам выдумывал еще более страшные грехи, приписывая их своим бывшим соратникам.
Впрочем, через три года после ареста рыцарей Храма, папа Климент добился того, чтобы следствие вели не инквизиторы короля, а представители церкви, преданные интересам христианства. Теперь Великий магистр и его сподвижники ожидали проявления доброй воли со стороны папы, которому иногда удавалось отстоять свои взгляды по некоторым из еще нерешенных вопросов в отношениях между церковью и королем. Папа в последнее время выказывал все меньше склонности возвращаться к затянувшемуся и дурно пахнущему судебному процессу, но заключенные об этом могли только догадываться.
Познакомившись с материалами дела, составленными прежними следователями, Климент признал обвинения лживыми или, по крайней мере, преувеличенными. Однако испытывая сильное давление со стороны Филиппа, которому он был обязан своим избранием, папа все время пребывал в нерешительности, к тому же совершенно теряясь перед этим государем, достаточно дерзким и циничным. Папа был способен лишь на слабые попытки сопротивления, вроде мелких бунтов и коротких возражений, не получавших дальнейшего развития. Он бесконечно вилял, трясясь за свой трон и предпочитая праздные разговоры с кардиналами решительным действиям. Он не мог определиться, к какой стороне ему лучше примкнуть, поскольку магистр Ордена Храма в свою очередь тоже доставлял ему беспокойство. Видя, как волны клеветы накатывают, словно по волшебству, на его Орден, Жак де Моле требовал у папы учинить настоящее, справедливое расследование.
Без проволочек и крючкотворства все же не обошлось, процесс в общей сложности длился долгих семь лет, и все эти годы высших руководителей Ордена держали в самых страшных подземельях - сначала в Шиноне, потом в королевском замке в Жизоре, ставшем для тамплиеров тюрьмой - и там, и тут подвергая пыткам и всяческим унижениям, поддерживая жизнь в изувеченных телах лишь хлебом и водой.