Время от времени обвиняемые пытались оспорить некоторые факты из их шпионской деятельности, но делали они это очень робко. К чести Пеньковского надо отметить, что он настойчиво повторял на суде: «Винн не имел ни малейшего представления о материалах, которые он перевозил на Запад». Нескольких часов разбирательства оказалось достаточно, чтобы стало ясно: Пеньковский передавал на Запад очень ценные сведения. Представители иностранных средств массовой информации также присутствовали на заседаниях суда. Как сообщали они в своих репортажах, свидетельств того, что обвиняемые находились под воздействием психотропных средств или против них применялись меры физического воздействия, не было обнаружено.
Решившись на открытый суд, КГБ тем не менее позаботился о том, чтобы сдержать поток информации из зала суда. Винн в своих мемуарах пишет, что во время процесса московская милиция перекрыла движение на нескольких улицах и направила транспорт прямо под окна здания Верховного суда СССР. Западные представители, присутствовавшие на заседаниях, подтвердили, что из-за шума, доносившегося с улицы, они не могли разобрать, что говорили обвиняемые.
Советские власти опасались, что Винн может отступить от заготовленного сценария, поэтому каждый раз, когда он начинал говорить, его микрофон немедленно отключали. Так что почти все его ответы остались залом не услышанными. Всего один только раз он нарушил обещание, данное сотрудникам КГБ, когда произнес такую фразу: «Ни в моей стране, ни в других странах ни для кого не секрет, что в московских квартирах иностранных дипломатов установлены подслушивающие устройства». (В советских средствах массовой информации эта фраза была представлена так: «Мне также известно, что в московских квартирах иностранных дипломатов очень часто устанавливают подслушивающие устройства».) После такого заявления Винна председатель суда сразу же задал другой вопрос. По окончании этого заседания следователи КГБ предупредили англичанина, что если нечто подобное повторится, то у него будут серьезные неприятности.
Что касалось улик против обвиняемых, то с ними у стороны обвинения никаких проблем не было, и генерал Горный мог быть удовлетворен ходом судебного процесса: вина подсудимых была полностью доказана, и он, потребовав для них сурового наказания, за рамки правового поля не вышел. Улик, свидетельствовавших о том, что Пеньковский и Винн занимались шпионской деятельностью, было собрано предостаточно. Особенно против советского полковника. У него на квартире в ящике письменного стола чекисты обнаружили отснятые фотопленки, инструкции, поступавшие от сотрудников иностранных разведок, пишущая машинка под номером 213956, на которой, как установили эксперты, и были напечатаны хранившиеся там же секретные сообщения.